Dẫn nguồn là các đại diện của sân bay, hãng thông tấn đưa tin, hai chiếc máy bay chiến đấu F-15 của Lực lượng không quân Nhật Bản đang chuẩn bị cất cánh để thực hiện việc bay chặn một máy bay nước ngoài đang ở gần khu vực biên giới không phận của đất nước. Cũng đúng vào thời điểm đó, một chiếc máy bay dân dụng thuộc hãng hàng không Ryukyu Air Commuter đang chuẩn bị hạ cánh với 35 hành khách.
Nhân viên điều phối của sân bay cho biết, ông đã thông báo để hai phi công của phi cơ chiến đấu dừng lại và không đi ra đường băng trước khi máy bay dân dụng hạ cánh. Về phần mình, các quân nhân khẳng định rằng không nghe thấy lệnh của điều phối viên, hãng tin cho biết.
Hậu quả là nhân viên điều phối của sân bay buộc phải liên lạc với phi công của chiếc máy bay dân dụng và cho dừng việc hạ cánh, khi chiếc máy bay này ở cách đường băng 5 km và đang bay ở độ cao 300 mét. Hãng tin cho biết thêm rằng, hai chiếc phi cơ chiến đấu cất cánh gần như lập tức, và phi công của chiếc máy bay dân dụng không phải hạ cánh lần hai, vì lệnh cho phép hạ cánh được điều phối viên đưa ra chỉ sau hai phút sau lệnh đầu tiên.