Phiên xét xử này diễn ra tranh tụng về các khoản tiền thu hồi có phải là vật chứng của vụ án hay không. Trong đó, luật sư đại diện CBbank nêu quan điểm rằng việc tăng vốn điều lệ từ khoản tiền 4.500 tỷ đồng không phải là một giao dịch dân sự đơn thuần, nên bản án sơ thẩm đã tuyên thu hồi số tiền này từ CBbank yêu cầu trả lại cho ông Phạm Công Danh (nguyên Chủ tịch HĐQT của VNCB, nguyên Tổng GĐ Tập đoàn Thiên Thanh) là chưa đủ cơ sở vững chắc.
Phía CBbank cũng nêu quan điểm về cơ sở cấp phép dựa trên khoản tiền 4.500 tỷ đồng của các nhà đầu tư được hạch toán vào quá trình tăng vốn điều lệ của VNCB. Và NHNN từ chối tăng vốn điều lệ của VNCB là nằm ở quy định hành chính chứ không phải là quy trình tố tụng. Do đó, dòng tiền này thực tế đã hòa chung vào dòng tiền của CBbank hiện nay và sử dụng cho nhiều mục đích, nên khó xác định.
Trong khi đó, luật sư đại diện của Ngân hàng BIDV tranh luận giữa hành vi "cố ý làm trái…" của bị cáo Phạm Công Danh và hậu quả thiệt hại của phía VNCB có mối quan hệ nhân — quả với nhau và BIDV nằm ngoài quá trình hành vi phạm tội của bị cáo này. Do vậy, trách nhiệm bồi thường thiệt hại là do ông Danh chứ không liên quan tới BIDV. Từ đó, việc án sơ thẩm quyết định thu hồi số tiền này từ BIDV là không có cơ sở.
Các luật sư đại diện Agribank và phía Ocean Bank (Ngân hàng Đại Dương) cũng tranh tụng về quá trình thẩm định, cho vay, giải ngân và tất toán các khoản vay của 2 ngân hàng này với các pháp nhân, cá nhân do ông Phạm Công Danh lập ra. Trong đó, cả hai ngân hàng có cùng quan điểm về việc hiện chưa có quy định nào yêu cầu phải xác minh nguồn tiền tất toán khoản vay. Luật hiện hành về các giao dịch này đều là hợp pháp, hơn nữa phù hợp với quy định của BLDS năm 2015. Do đó, luật sư của các ngân hàng này cũng cho rằng không thể xem các chứng từ này là vật chứng và cũng không có cơ sở để thu hồi lại tiền từ cả hai ngân hàng.
Khác với đại diện các ngân hàng, các luật sư của ông Phạm Công Danh đã tranh luận quyết liệt với phía đại diện Viện KSND giữ quyền công tố tại tòa, trong đó yêu cầu tiếp tục thu hồi nhiều khoản tiền khác nhau như là vật chứng của vụ án. Ngoài ra, các luật sư của ông Danh cũng yêu cầu HĐXX cấp phúc thẩm tuyên thu hồi thêm khoản 400 tỷ đồng từ cha con ông Trần Quí Thanh. Bởi vì, họ cho rằng đây là khoản tiền mà VNCB (nay là CBbank) đã chuyển cho Công ty Trung Dung (do ông Danh lập) trước đó.