Trong văn bản lưu ý rằng nhân vật mới đây nhậm chức Bộ trưởng Bộ Quốc phòng — Patrick Shanahan — đã có phản ứng rõ ràng về tốn phí của chương trình khi gọi mẫu chiến đấu cơ này là "cỗ máy quá đắt" trong khi chỉ có "những khả năng hạn chế". Đồng thời, Shanahan cho rằng chi phí vận hành của mọi loại chiến đấu cơ, bao gồm F-35A (phiên bản tiêu chuẩn dành cho Không quân) thực sự là quá khủng và "vượt ra ngoài khuôn khổ" các phương tiện mà Lầu Năm Góc dự tính.
Các chuyên gia Mỹ xác nhận rằng tại cuộc họp gần đây xem xét các vấn đề của tổ hợp công nghiệp- quân sự, ông Patrick Shanahan đã dội hàng loạt lời phê phán gay gắt về độ sẵn sàng kỹ thuật của mẫu chiến đấu cơ triển vọng, ông ta nói thêm rằng Hoa Kỳ "điêu đứng" với việc chế tạo phương tiện chiến đấu kiểu như vậy. Kết thúc bài phát biểu của mình, Shanahan lưu ý rằng các chiến đấu cơ do hãng Boeing sản xuất trước đây đã đảm đương tốt nhiệm vụ đặt ra mà lại đỡ tốn kém hơn nhiều. Trong khi đó, nhóm chuyên viên nghiên cứu chiến đấu cơ theo đơn đặt hàng của Lầu Năm Góc cam đoan rằng F-35 bảo lưu "một số ưu điểm" về tính chất khó nhận biết trong vòng 5 năm tới, dù máy bay được dự trù vận hành trong 30 — 40 năm sau. Động thái tiếp theo của tân Bộ trưởng Quốc phòng Hoa Kỳ, như Military Watch lưu ý, có thể sẽ là đóng băng chương trình F-35 "cho đến khi làm rõ tất cả các chi tiết" về hiệu suất của mẫu máy bay này trong trận chiến.