Quá trình điều tra vụ án, ngày 29.1.2019, Cơ quan CSĐT Bộ Công an đã ra Quyết định khởi tố vụ án hình sự, Quyết định khởi tố bị can đối với ông Đinh Ngọc Hệ (tức Út trọc), nguyên Chủ tịch Hội đồng quản trị, nguyên Tổng Giám đốc Công ty Thái Sơn Bộ Quốc phòng, về hành vi "Lợi dụng chức vụ, quyền hạn gây ảnh hưởng đối với người khác để trục lợi", quy định tại Điều 358 Bộ luật Hình sự năm 2015.
Sau khi Viện kiểm sát nhân dân tối cao phê chuẩn các Quyết định tố tụng nêu trên, ngày 30/01/2019, Cơ quan CSĐT Bộ Công an đã triển khai thi hành các quyết định tố tụng theo đúng quy định của pháp luật.
Trước đó, vào ngày 31.7.2018, Tòa án Quân sự quân khu 7 tuyên phạt ông Đinh Ngọc Hệ (tức Út "Trọc", cựu Thượng tá quân đội, cựu Phó Tổng giám đốc Tổng Công ty Thái Sơn, Bộ Quốc phòng) án 10 năm tù về tội Lợi dụng chức vụ quyền hạn trong khi thi hành công vụ, 2 năm tù về tội Sử dụng tài liệu giả của cơ quan tổ chức. Tổng hợp hình phạt là 12 năm tù. Ông Hệ bị cấm đảm nhiệm chức vụ trong 4 năm sau khi chấp hành xong hình phạt.
Với các cá nhân liên quan, tòa tuyên phạt ông Trần Văn Lâm (cựu Tổng giám đốc Công ty CP phát triển đầu tư Thái Sơn Bộ Q.P) năm năm tù, Bùi Văn Tiệp (nguyên Sư đoàn trưởng 367 Quân Chủng phòng không — không quân) án hai năm tù treo.
Ông Phùng Danh Thắm (cựu Tổng giám đốc Tổng Công ty Thái Sơn, Bộ Quốc phòng) bị phạt hai năm cải tạo không giam giữ về tội Thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng. Ông bị cấm đảm nhiệm chức vụ doanh nghiệp trong 2 năm.