Lúc đầu, các nhà khoa học đã thử tìm ra tác dụng của cà phê đối với vi khuẩn đường ruột trong đĩa petri. Chỉ với dung dịch chứa nồng độ 1,5 phần trăm của thức uống này có tác dụng ức chế sự phát triển của vi khuẩn, trong khi cà phê đã khử caffein cũng có tác dụng tương tự đối với môi sinh đường ruột.
Ngoài ra, các nhà khoa học còn nghiên cứu ảnh hưởng của cà phê đến ruột của chuột. Chuột thí nghiệm được cho uống cà phê có và không có chất caffeine. Chỉ sau ba ngày sử dụng, cà phê đã tăng khả năng co bóp ở ruột non. Khi sử dụng dung dịch tác động trực tiếp tới các mô ruột, cũng phát hiện ra rằng phản ứng của các mô này gia tăng.
Liên quan đến ảnh hưởng đến hệ vi khuẩn đường ruột, các nhà khoa học phát hiện ra rằng ở chuột sống cũng xảy ra tình trạng tương tự như với vị khuẩn trong đĩa petri: cà phê làm giảm tổng số vi khuẩn. Tuy nhiên, để tìm hiểu xem cà phê tác động như thế nào đến hệ vi sinh vật có lợi và hệ vi sinh vật gây bệnh thì còn cần phải thực hiện thêm các cuộc nghiên cứu bổ sung.
Ngoài ra, các nhà khoa học có ý định tìm hiểu xem liệu những tính chất nêu trên của cà phê có thể được sử dụng trong điều trị táo bón sau phẫu thuật hay tắc nghẽn đường ruột hay không.