Đối với các Tổng cục, Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn thực hiện sắp xếp và tổ chức lại 4 Tổng cục thành 6 Cục chuyên ngành trực thuộc Bộ. Cụ thể, chuyển Tổng cục Thủy lợi thành Cục Thủy lợi. Tổng cục Phòng chống thiên tai thành Cục Quản lý đê điều và Phòng, chống thiên tai. Tổng cục Lâm nghiệp thành 2 Cục: Cục Lâm nghiệp và Cục Kiểm lâm. Tổng cục Thủy sản thành 2 Cục: Cục Thuỷ sản và Cục Kiểm ngư.
Đối với đơn vị Cục, số lượng đầu mối Cục thuộc Bộ giảm 1 đầu mối. Cụ thể: Giữ ổn định 6 Cục, gồm: Trồng trọt, Bảo vệ thực vật, Chăn nuôi, Thú y, Kinh tế hợp tác và Phát triển nông thôn, Quản lý xây dựng công trình.
Với Cục Chế biến và Phát triển thị trường nông sản, Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn đề xuất hợp nhất với Cục Quản lý chất lượng nông lâm sản và thủy sản, tổ chức lại thành Cục mới với tên gọi Cục Chất lượng, Chế biến và Phát triển thị trường.
Theo tờ trình, đối với cơ quan cấp Vụ và tương đương, số lượng đầu mối cấp Vụ thuộc Bộ giảm 1 đầu mối, cụ thể: Giữ ổn định 5 Vụ (Tổ chức cán bộ, Kế hoạch, Khoa học công nghệ và Môi trường, Pháp chế, Hợp tác quốc tế), Văn phòng Bộ và Thanh tra Bộ; thực hiện không tổ chức phòng trong Vụ.
Vụ Quản lý doanh nghiệp được đề xuất sáp nhập với Vụ Tài chính; chuyển cơ bản chức năng, nhiệm vụ của Vụ Quản lý doanh nghiệp về Vụ Tài chính và các cơ quan, đơn vị có liên quan (giảm một vụ trưởng và hai vụ phó). Như vậy, Bộ sẽ còn 6 vụ gồm: Tổ chức cán bộ; Hợp tác quốc tế; Khoa học, Công nghệ và Môi trường; Kế hoạch; Tài chính và Vụ Pháp chế.
Theo đó, khi việc sáp nhập hoàn tất, Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn còn 28 cục, vụ, các đơn vị sự nghiệp công lập trực thuộc; giảm 34 cấp vụ và tương đương.
Việc sáp nhập các cục, vụ là theo chỉ đạo của Trung ương để đảm phù hợp với quy định pháp luật chuyên ngành và phân công của Chính phủ; không được chồng chéo, thực hiện nguyên tắc một cơ quan thực hiện nhiều việc và một việc chỉ giao cho một cơ quan chủ trì, chịu trách nhiệm chính.