Bốn trong số năm thẩm phán Tòa án Tối cao Brazil đã bỏ phiếu kết luận ông Bolsonaro phạm tội ở cả 5 cáo buộc: Chuẩn bị đảo chính, tham gia tổ chức tội phạm vũ trang, âm mưu dùng vũ lực lật đổ trật tự dân chủ ở Brazil, thực hiện hành vi bạo lực nhằm vào các cơ quan nhà nước và phá hoại tài sản công được bảo vệ trong cuộc tấn công của những người ủng hộ ông vào các tòa nhà chính phủ ngày 8/1/2023.
Theo các công tố viên, âm mưu đảo chính bao gồm cả khả năng sử dụng chất nổ, vũ khí chiến đấu hoặc chất độc để ám sát Tổng thống cánh tả Luiz Inácio Lula da Silva, Phó Tổng thống Geraldo Alckmin và Thẩm phán Tòa án Tối cao Alexandre de Moraes, người giám sát vụ xét xử Bolsonaro.
Thẩm phán Moraes, người đầu tiên ra phán quyết buộc tội hôm thứ Ba, khẳng định các bị cáo “đã phạm mọi tội danh mà Viện Công tố Tối cao cáo buộc”. Các thẩm phán Flávio Dino, Cármen Lúcia và Cristiano Zanin cũng bỏ phiếu kết tội ông Bolsonaro. Chỉ có thẩm phán Luís Fux bỏ phiếu tuyên trắng án cho cựu Tổng thống ở tất cả các cáo buộc. Ông lập luận rằng vụ việc không thể coi là đảo chính vì Tổng thống Lula da Silva chưa bao giờ bị lật đổ. Ông cũng cho rằng tòa án không có thẩm quyền xét xử vụ án này và quyết định nên bị hủy bỏ.
Các bằng chứng chống lại ông Bolsonaro chủ yếu liên quan đến cách ông tìm cách duy trì quyền lực sau khi thua ông Lula da Silva trong cuộc bầu cử tổng thống năm 2022. Cảnh sát liên bang khẳng định ông Bolsonaro “biết rõ” kế hoạch hủy bỏ kết quả bầu cử, gây áp lực lên quân đội để can thiệp, thậm chí thành lập một “cơ quan quản lý khủng hoảng” song song để điều hành chính phủ.
Âm mưu đảo chính bắt đầu từ năm 2021 với những nỗ lực làm suy giảm lòng tin công chúng vào hệ thống bầu cử. Sau thất bại trong bầu cử năm 2022, theo công tố viên, các bị cáo đã tìm cách hủy bỏ kết quả, kích động những người ủng hộ ông Bolsonaro tập hợp tại Brasilia, nơi ngày 8/1/2023 họ đã tấn công và tàn phá ba tòa nhà chính phủ.
Bốn bị cáo khác bị kết tội đều có xuất thân là quân nhân, trong đó có Tướng Walter Braga Netto, người từng là ứng cử viên Phó Tổng thống cùng ông Bolsonaro trong cuộc bầu cử 2022.
Ông Bolsonaro và các bị cáo khác trong quá trình xét xử đều phủ nhận tội trạng. Luật sư bào chữa vẫn có thể kháng cáo, nhưng khi mọi khả năng kháng cáo bị loại bỏ, phán quyết sẽ có hiệu lực cuối cùng và bản án có thể được thi hành.
Ông Bolsonaro từ lâu khẳng định vụ xét xử là một cuộc đàn áp chính trị.
Quan điểm này cũng được chia sẻ bởi một trong những đồng minh chính trị lớn nhất của ông, Tổng thống Mỹ Donald Trump, người đã áp mức thuế 50% lên hàng hóa Brazil vì vụ xét xử cựu Tổng thống Bolsonaro. Chính quyền Mỹ cũng áp đặt lệnh trừng phạt đối với Thẩm phán Moraes vì “vi phạm nghiêm trọng nhân quyền” và công bố hạn chế thị thực đối với ông cùng một số quan chức tòa án khác liên quan đến vụ án.
Năm 2017, chính Tổng thống Brazil đương nhiệm Lula da Silva từng bị kết án tham nhũng và rửa tiền, phải ngồi tù hơn một năm trước khi bản án bị hủy bỏ.