Nguyên Thủ tướng Phan Văn Khải được nhiều chuyên gia kinh tế đánh giá là nhà lãnh đạo có tinh thần cải cách mạnh mẽ và quyết tâm hội nhập. Ông trình Quốc hội ban hành Luật Doanh nghiệp năm 1999 và tự bảo vệ trước Bộ Chính trị, Quốc hội.
Đó là lần đầu tiên Việt Nam ra sắc luật tước bỏ quyền lực của Chủ tịch các tỉnh. Thay cho quy định ràng buộc "phải có chữ ký của Chủ tịch tỉnh thì doanh nghiệp mới được phép thành lập", Luật Doanh nghiệp năm 1999 được ban hành với tinh thần: người dân được quyền làm những việc mà Nhà nước không cấm.
Nguyên Thủ tướng Phan Văn Khải đã là người lập ra Tổ công tác của Chính phủ về triển khai Luật Doanh nghiệp và giảm các giấy phép con. Theo kiến nghị của Tổ công tác, người đứng đầu Chính phủ Việt Nam đã ký lệnh bãi bỏ 286 giấy phép con (gần một nửa số giấy phép con) tạo nền móng phát triển kinh tế tư nhân trong nước.
Ông cũng là người trình Dự thảo Luật về Thương mại song phương Việt Nam — Mỹ (BTA) ký chính thức năm 2001; là nhà lãnh đạo đầu tiên của Việt Nam sang thăm Hoa Kỳ, gặp Tổng thống Bush năm 2005 mở ra triển vọng hợp tác mới giữa Việt Nam và Mỹ.
Thời trẻ, ông Phan Văn Khải từng tu nghiệp tại Học viện Kinh tế Quốc gia mang tên Plekhanov ở Matxcơva.
Năm 2000 trên cương vị Thủ tướng CHXHCN Việt Nam, ông Phan Văn Khải đã tiến hành chuyến thăm chính thức tới Liên bang Nga. Chuyến công tác này của ông Phan Văn Khải đánh dấu bằng kết quả thông qua thoả thuận về hình thức thanh toán nợ giữa Việt Nam và Nga, tiếp nối truyền thống hợp tác Nga-Việt trong lĩnh vực đào tạo-giáo dục, mở đường cho hàng ngàn thanh niên Việt Nam được nhận học bổng theo diện Hiệp định để học tập trong các trường đại học ở nước Nga.