Trước đó, năm 2013, theo đơn tố cáo, ông Hoàng Xuân Quế, Phó Viện trưởng Viện Ngân hàng — Tài chính, Trường Đại học Kinh tế quốc dân, tác giả Luận án tiến sỹ bảo vệ năm 2003 với đề tài "Giải pháp hoàn thiện các công cụ chủ yếu của chính sách tiền tệ ở Việt Nam" đã "đạo văn" tới 30% dung lượng Luận án tiến sỹ của ông Mai Thanh Quế, Học viên Ngân hàng với đề tài "Các giải pháp hoàn thiện việc cung ứng và kiểm soát khối lượng tiền lưu thông của Ngân hàng Nhà nước Việt Nam trong nền kinh tế thị trường".
Sau khi nhận được đơn tố cáo, lãnh đạo Bộ GD&ĐT đã chỉ đạo các cơ quan chức năng vào cuộc để xác minh. Theo đó lãnh đạo Bộ GD&ĐT đã yêu cầu Vụ Giáo dục Đại học, Thanh tra Bộ GD&ĐT, Hội đồng Chức danh giáo sư, trường Đại học Kinh tế Quốc dân… tiến hành kiểm tra, xác minh vụ việc theo thẩm quyền liên quan đến Luận án tiến sĩ của ông Hoàng Xuân Quế.
Tại buổi làm việc với Bộ GD& ĐT, ông Hoàng Xuân Quế đưa ra các tài liệu khác nhau để cho rằng mình bị oan sai… Ngoài ra, ông Quế cũng đã nộp bản giải trình với các cơ quan chức năng của Bộ GD&ĐT về các vấn đề liên quan đến vụ "đạo" luận án tiến sĩ này.
Ngày 11/10/2013, Thứ trưởng Bộ GD-ĐT Bùi Văn Ga đã ký quyết định số 4674 thu hồi bằng tiến sĩ đối với ông Hoàng Xuân Quế. Quyết định này được căn cứ vào kết luận của Bộ trưởng Bộ GD-ĐT về việc xác minh đơn tố cáo đối với bằng tiến sĩ của ông Hoàng Xuân Quế.
Theo đó, ông Hoàng Xuân Quế bị thu hồi bằng tiến sĩ do "sao chép lên đến 52,5/159 trang của luận án (khoảng 30,02%) từ luận án tiến sĩ của ông Mai Thanh Quế (Học viện Ngân hàng)".
Ngày 02/12/2013, căn cứ vào Quyết định số 4674 và Công văn số 1080, Trường Đại học Kinh tế quốc dân đã liên tiếp ban hành Quyết định 730/QĐ-ĐHKTQD v/v miễn nhiệm chức danh Phó Giáo sư đối với ông Hoàng Xuân Quế và Quyết định số 731/QĐ-ĐHKTQD về việc đình chỉ tham gia công tác đào tạo thạc sĩ, tiến sĩ đối với ông Hoàng Xuân Quế; Ngày 10/12/2013, Trường ĐHKTQD có công văn số 1500 v/v đánh giá cán bộ để thực hiện quy trình miễn nhiệm chức vụ Phó Viện trưởng Viện NHTC đối với ông Quế.
Không đồng tình với kết luận và quyết định thu hồi bằng tiến sĩ nói trên, ông Hoàng Xuân Quế đã khởi kiện Bộ trưởng Bộ GD-ĐT ra TAND TP Hà Nội.
Tại phiên tòa ngày 10/10/2016, Luật sư đại diện cho Bộ GD&ĐT cho rằng, Bộ GD&ĐT ra quyết định 4674 thu hồi bằng Tiến sĩ của ông Hoàng Xuân Quế là đúng pháp luật.
Tuy nhiên, luật sư đại diện bảo vệ quyền và lợi ích hợp pháp của ông Hoàng Xuân Quế đã đưa ra rất nhiều luận cứ thuyết phục chứng minh việc Bộ trưởng Bộ GD&ĐT khi đó là ông Phạm Vũ Luận ra quyết định số 4674 là vi phạm pháp luật.
Vì vậy, trong quá trình Bộ giải quyết tố cáo cũng như quá trình tham gia tố tụng tại Tòa án, ông Quế liên tục yêu cầu Bộ cung cấp các cuốn luận án mà ông Quế đã nộp cho Bộ GD&ĐT để Bộ GD&ĐT ra Quyết định thành lập Hội đồng bảo vệ luận án cấp Nhà nước cũng như nộp cho Bộ sau khi bảo vệ luận án cấp nhà nước.
Tuy nhiên, Bộ không thu thập được và cũng không có tài liệu này để cung cấp cho Tòa án.
Luật sư đại diện cho ông Quế cho rằng, có đầy đủ căn cứ để nghi ngờ cuốn luận án của ông Hoàng Xuân Quế đã bị đánh tráo vì mục đích xấu, vì tất cả những tài liệu quan trọng liên quan tới ông Quế đều bị mất.
Người tố cáo (ông Nguyễn Văn Nam) là Chủ tịch cả 3 Hội đồng chấm luận án của ông Hoàng Xuân Quế, từ Hội đồng chấm chuyên đề luận án, Hội đồng chấm luận án cấp cơ cở và Hội đồng chấm luận án cấp nhà nước, nhưng lại không hề có bất cứ tài liệu chứng cứ nào để minh chứng (kể cả quyển luận án mà ông Quế đã nộp cho ông Nam khi bảo vệ tại 3 Hội đồng).
Đồng thời, đề nghị HĐXX căn cứ vào quy định tại điểm b, khoản 2 Điều 193 Luật tố tụng hành chính chấp nhận toàn bộ yêu cầu khởi kiện của người khởi kiện: Tuyên hủy QĐ 4674/QĐ-BGDĐT ngày 11/10/2013 của Bộ trưởng Bộ Giáo dục và đào tạo.
Sau phần tranh tụng, Đại diện Viện Kiểm sát Nhân dân TP. Hà Nội tại phiên tòa nêu ý kiến: Căn cứ vào hồ sơ vụ án và diễn biến phiên tòa "Đề nghị Hội đồng xét xử căn cứ điểm b khoản 2 điều 193 Luật Tố Tụng hành chính năm 2015, chấp nhận một phần khởi kiện theo yêu cầu của đương sự (ông Hoàng Xuân Quế) đối với yêu cầu hủy quyết định số 4674 ngày 11/10/2013 của Bộ trưởng Bộ GD & ĐT (do tại phiên toà ông Quế không yêu cầu bồi thường như trong đơn khởi kiện, mà chỉ yêu cầu hủy quyết định 4674, khôi phục các quyền và lợi ích hợp pháp).
Chủ toạ sau đó thông báo đây là vụ án phức tạp nên tòa tiến hành nghị án kéo dài.
Sáng nay 14/12, Tòa án Nhân dân Thành phố Hà Nội đã tiếp tục phiên xét xử vụ án ông Hoàng Xuân Quế khởi kiện Quyết định của Bộ trưởng Bộ Giáo dục và Đào tạo thu hồi bằng tiến sĩ của ông vào tháng 10 năm 2013.
Sau khi nghị án, Thẩm phán Tòa án Nhân dân Thành phố Hà Nội — ông Hoàng Chí Nguyện tuyên án: Việc Bộ Giáo dục và Đào tạo quyết định 4674 ngày 11/10/2013 thu hồi bằng tiến sĩ của ông Hoàng Xuân Quế là trái quy định của pháp luật.
Tuyên hủy Quyết định 4674 ngày 11/10/2013 của Bộ trưởng Bộ Giáo dục và Đào tạo về việc thu hồi bằng tiến sĩ ngành kinh tế của ông Hoàng Xuân Quế.
Kiến nghị Bộ Giáo dục và Đào tạo, các cơ quan chức năng có thẩm quyền khôi phục lại học hàm, học vị cho ông Hoàng Xuân Quế.
Trao đổi với PV, ông Hoàng Xuân Quế cho biết đồng tình với kết quả phiên tòa sơ thẩm. Việc tòa án nhân dân TP Hà Nội tuyên hủy quyết định của Bộ trưởng GD-ĐT đã trả lại danh dự, uy tín của ông suốt nhiều năm qua. Quyết định của Bộ trưởng GD-ĐT đã gây thiệt hại cả thể chất, tinh thần, phá hỏng sự nghiệp của ông.