Theo kết luận thanh tra, các thương nhân đầu mối đã vi phạm các quy định như: Hệ thống phân phối xăng dầu phải có tối thiểu 40 tổng đại lý kinh doanh xăng dầu hoặc đại lý bán lẻ xăng dầu hoặc thương nhân nhận quyền bán lẻ xăng dầu…
Về việc mua xăng dầu trong nước, việc nhập khẩu xăng dầu cũng chưa được thực hiện nghiêm túc. Có trường hợp thương nhân đầu mối không hoạt động nhập khẩu trong quý I và quý II năm 2021.
Kết luận thanh tra cho rằng: Theo quy định tại Nghị định 83, Bộ Công Thương có thẩm quyền thu hồi Giấy phép kinh doanh xuất khẩu, nhập khẩu xăng dầu nếu thương nhân đầu mối không tiếp tục hoạt động xuất nhập khẩu xăng dầu trong một quý trở lên.
Ngoài ra, cũng có một số thương nhân đầu mối không nhập khẩu xăng hoặc nhập khẩu xăng dầu ít hơn mức tối thiểu do Bộ Công Thương phân giao. Điều này được kết luận là "không đúng quy định tại Nghị định 83".
Một số doanh nghiệp đã báo cáo kho xăng dầu chưa đúng với thực tế. Một số cửa hàng bán lẻ xăng dầu trực thuộc hệ thống của thương nhân đầu mối có giấy chứng nhận đủ điều kiện bán lẻ xăng dầu đã hết giá trị, chưa được cấp lại nhưng vẫn đăng ký trong hệ thống và tổ chức bán hàng là vi phạm các quy định trong Nghị định 99/2020/NĐ-CP.
Thanh tra Bộ Công thương cũng phát hiện một số doanh nghiệp đầu mối xăng dầu có thay đổi về số lượng đại lý, thương nhân nhượng quyền nhưng không thực hiện báo cáo với các cơ quan quản lý nhà nước.
Các thương nhân đầu mối bị thanh tra trong đợt này gồm: Tổng công ty Dầu Việt Nam, Công ty cổ phần Dầu khí Đông Phương, Công ty TNHH Thương mại và Dịch vụ Long Hưng, Công ty TNHH MTV dầu khí TP. HCM, Công ty cổ phần Tập đoàn Dương Đông, Công ty cổ phần Đầu tư Nam Phúc, Công ty xuất nhập khẩu xăng dầu Tín Nghĩa, Tổng công ty xuất nhập khẩu Thanh Lễ, Công ty TNHH xăng dầu Hùng Hậu, Công ty cổ phần Thương mại đầu tư khí Nam Sông Hậu, Công ty cổ phần Thương mại Dầu khí Đồng tháp.
Theo Thanh tra Bộ Công thương, một số vụ, cục tại Bộ Công thương với vai trò quản lý nhà nước chưa kịp thời kiểm tra, đối chiếu, rà soát các báo cáo này; chậm trễ trong việc phát hiện hành vi vi phạm, kiến nghị người có thẩm quyền xử phạt vi phạm hành chính, áp dụng các hình phạt theo quy định.
Qua công tác kiểm tra hồ sơ cấp phép của một số đơn vị, đoàn kiểm tra của Bộ Công thương do Vụ Thị trường trong nước chủ trì đã phát hiện hành vi vi phạm hành chính, việc chưa đáp ứng điều kiện để cấp giấy phép kinh doanh xuất, nhập khẩu xăng dầu nhưng không chuyển hồ sơ và kiến nghị người có thẩm quyền giải quyết theo quy định của pháp luật.