Theo đó, Bộ Xây dựng thống nhất xây dựng mới tuyến đường sắt Bắc - Nam, đường đôi, khổ ray 1.435mm, tải trọng 22.5 tấn/ trục, khai thác tàu chở khách và dự phòng cho chở hàng khi có nhu cầu; tốc độ thiết kế 350km/h.
Tổng mức đầu tư dự án theo phương án này khoảng 68,98 tỉ USD. Trường hợp đầu tư ngay hạ tầng, thiết bị, phương tiện để phục vụ khai thác tàu hàng chạy suốt từ Bắc vào Nam thì kinh phí đầu tư khoảng 71,69 tỷ USD.
Về hạ tầng: Tuyến xây mới hoàn toàn với 60% là cầu, 10% hầm, 30% nền đất. Xây dựng 23 ga khách, 5 khu tập kết, sửa chữa, bảo dưỡng, 40 cơ sở bảo trì hạ tầng, 5 ga hàng, 4 đề pô, 28km tuyến nối ga để khai thác chạy tàu hàng khi nhu cầu hàng hoá vượt quá năng lực khai thác.
Với kịch bản này, cần mua sắm 74 đoàn tàu động lực phân tán với 1184 toa xe. Năng lực đáp ứng là 175 đôi tàu/ngày đêm (đường sắt tốc độ cao 150 đôi tàu, đường sắt hiện hữu 25 đôi tàu), vận chuyển 133,5 triệu hành khách/năm và 20 triệu tấn hàng hoá/năm.
Hiệu quả kinh tế: tỷ suất hoàn vốn nội bộ kinh tế = 10,78%; tỷ số lợi ích/chi phí = 1,089 và giá trị hiện tại ròng = 1.302 triệu USD.
Dù thống nhất đầu tư dự án đường sắt tốc độ cao Bắc - Nam theo kịch bản 3 nhưng Bộ Xây dựng cho rằng đề án đầu tư chưa thể hiện rõ việc nâng cấp, hiện đại hóa tuyến đường sắt Bắc - Nam hiện hữu bằng khổ đường nào, Tuổi Trẻ Online cho biết.
Theo Bộ Xây dựng, Bộ Giao thông vận tải cần nghiên cứu nâng cấp, hiện đại hóa tuyến đường sắt Bắc - Nam hiện hữu theo hướng thay thế toàn bộ khổ đường 1.000mm hiện nay bằng khổ tiêu chuẩn 1.435mm.
Bộ Xây dựng cũng đề nghị Bộ Giao thông vận tải cần phối hợp với các địa phương có dự án chạy qua để giữ nguyên thỏa thuận hướng tuyến, tránh việc phải điều chỉnh hướng tuyến làm phát sinh chi phí đầu tư.
Bộ Giao thông vận tải cũng cần bổ sung các căn cứ pháp lý để đề xuất sơ bộ tổng vốn đầu tư.