Theo đó, sau khi nhận được tờ trình của UBND tỉnh Khánh Hòa và Báo cáo thẩm định của Bộ Xây dựng, Phó Thủ tướng Trần Hồng Hà chỉ đạo:
"UBND tỉnh Khánh Hòa rút kinh nghiệm và chịu trách nhiệm trong công tác rà soát thông tin liên quan đến đồ án điều chỉnh quy hoạch chung TP Nha Trang, tỉnh Khánh Hòa đến năm 2040, đảm bảo đầy đủ, chính xác trước khi thẩm định, đề xuất".
Phó Thủ tướng cũng đề nghị UBND tỉnh Khánh Hòa chủ động đề xuất, chủ trì phối hợp với Bộ Xây dựng tiếp thu, giải trình các ý kiến liên quan, rà soát, hoàn thiện đồ án, báo cáo Thủ tướng theo đúng quy trình, thủ tục và quy định.
Đồ án Điều chỉnh Quy hoạch chung TP. Nha Trang đến năm 2040 là công cụ quan trọng và cần thiết để triển khai các nội dung liên quan nhằm tiếp tục phát triển TP. Nha Trang trở thành đô thị hạt nhân của tỉnh và trung tâm của vùng Duyên hải Nam Trung bộ và Tây Nguyên theo định hướng về xây dựng, phát triển tỉnh Khánh Hòa đến năm 2030, tầm nhìn đến năm 2045 tại Nghị quyết số 09 của Bộ Chính trị, Nghị quyết số 42 của Chính phủ và Chương trình hành động số 30 của Ban Chấp hành Đảng bộ. UBND tỉnh đề nghị Bộ Xây dựng xem xét báo cáo, trình Thủ tướng Chính phủ phê duyệt đồ án để tạo điều kiện thúc đẩy sự phát triển của TP. Nha Trang và tỉnh Khánh Hòa.
Qua 03 năm thực hiện, đến tháng 4/2023, Đồ án đang được Bộ Xây dựng thẩm định. Ngày 11/8/2023, Ban Thường vụ Tỉnh ủy Khánh Hòa đã có phiên họp về Đồ án trên và có Thông báo kết luận số 711-TB/TU ngày 15/8/2023, theo đó yêu cầu: Ban Cán sự Đảng UBND tỉnh lãnh đạo UBND tỉnh chỉ đạo Sở Xây dựng, đơn vị tư vấn, các Sở, ngành, địa phương liên quan tiếp thu các ý kiến chỉ đạo tại cuộc họp, khẩn trương hoàn thiện hồ sơ Đồ án điều chỉnh quy hoạch chung thành phố Nha Trang chậm nhất ngày 20/8/2023 gửi Bộ Xây dựng.
Sau nhiều lần Bộ Xây dựng trả hồ sơ để Khánh Hòa thẩm định lại, đến 30/11, Chủ tịch UBND tỉnh Khánh Hòa có Văn bản 12606/UBND-XDND gửi Bộ Xây dựng xem xét sau khi đã bổ sung, hoàn thiện để ban hành thẩm định đồ án quy hoạch chung trình Thủ tướng.
Tuy nhiên, Bộ Xây dựng cho rằng báo cáo này chưa làm rõ tiêu chí để xác định các quy hoạch chi tiết, dự án tiếp tục triển khai và đề xuất các giải pháp xử lý đối với quy hoạch chi tiết, dự án dừng thực hiện; chưa nêu rõ các tiêu chí để đánh giá; giải pháp xử lý về tính pháp lý của các dự án, trách nhiệm trước pháp luật về các sai phạm, các giải pháp xử lý nếu thực hiện theo đồ án điều chỉnh quy hoạch chung TP Nha Trang đến năm 2040 mà tỉnh đã lập.