Xuyên Việt Oil tiền thân là Công ty TNHH Xuyên Việt, được cấp giấy chứng nhận kinh doanh lần đầu tháng 5/2005.
Theo quy định, Công ty Xuyên Việt Oil phải mở tài khoản Quỹ bình ổn xăng dầu tại ngân hàng thương mại và trích tiền trên số lượng doanh thu bán hàng để lập Quỹ. Mục đích sử dụng duy nhất của Quỹ là bình ổn giá khi giá dầu thế giới có biến động, cần điều chỉnh ở trong nước nhằm bình ổn thị trường. Pháp luật cấm dùng số tiền này vào mục đích khác.
Tháng 8/2016, Xuyên Việt Oil được Bộ Công Thương cấp giấy phép kinh doanh xuất khẩu, nhập khẩu xăng dầu thời hạn 5 năm, qua đó trở thành đầu mối kinh doanh mặt hàng này. Tháng 11/2021, doanh nghiệp được cấp lại giấy phép kinh doanh đến 2026.
Cơ quan điều tra cáo buộc, sau khi được cấp giấy phép làm thương nhân đầu mối kinh doanh xăng dầu, lợi dụng việc được Nhà nước giao thu hộ tiền Quỹ bình ổn giá xăng dầu tại Xuyên Việt Oil, bà Hạnh đã "làm trái các quy định về trích lập, quản lý, sử dụng" số tiền này.
Cụ thể, bà không chỉ đạo nhân viên thực hiện quy định về trích lập Quỹ bình ổn giá xăng dầu theo thông báo điều hành của Bộ Công Thương mà bàn bạc, chỉ đạo Nguyễn Thị Như Phương - người theo dõi tài khoản Xuyên Việt Oil, chuyển tiền từ tài khoản công ty vào tài khoản cá nhân, để dùng vào mục đích cá nhân. Vì vậy, Quỹ bình ổn giá xăng dầu tại Xuyên Việt Oil "có số dư không đúng theo quy định, gây thất thoát tài sản nhà nước".
Từ tháng 10/2016 đến tháng 6/2023, để đối phó việc thanh tra, kiểm tra, theo dõi, giám sát của các cơ quan quản lý, bà Hạnh chỉ đạo nhân viên kế toán lập 81 báo cáo số dư tình hình trích lập, sử dụng Quỹ bình ổn giá xăng dầu theo định kỳ hàng tháng gửi đến Bộ Công Thương và Bộ Tài chính. Trong 81 báo cáo nêu trên, bà Hạnh ký 22 báo cáo, còn lại bà Phương được chỉ đạo ký các báo cáo từ tháng 11/2021 đến thời điểm công ty dừng hoạt động (tháng 8/2023).
Nhà chức trách cáo buộc số dư trong báo cáo không đúng với số dư phát sinh có trong tài khoản Quỹ bình ổn giá xăng dầu tại thời điểm lập báo cáo.
Tháng 5/2023, nhận chỉ đạo của bà Hạnh, bà Phương tiếp tục ký công văn gửi Vụ Thị trường trong nước (Bộ Công Thương), báo cáo số dư Quỹ bình ổn giá xăng dầu đến cuối tháng này là 219 tỷ đồng. Nhưng tổng số dư thực tế trong tài khoản của Quỹ tại Xuyên Việt Oil chỉ còn 2 triệu đồng.
Bộ Công Thương ra quyết định thu hồi giấy phép kinh doanh xuất nhập khẩu xăng dầu của Xuyên Việt Oil ngày 11/8/2023, yêu cầu bà Hạnh nộp ngay toàn bộ số tiền Quỹ bình ổn giá xăng dầu tại doanh nghiệp vào ngân sách.
Cơ quan điều tra cáo buộc bà Hạnh đã dùng số tiền nêu trên vào mục đích cá nhân như mua bất động sản, cho bạn vay mượn, chi tiêu cá nhân, chi hối lộ một số cá nhân tại Bộ Công Thương, Bộ Tài chính, Cục Thuế TP HCM, chi nhánh phân phối sản phẩm lọc dầu Nghi Sơn, ngân hàng, không còn khả năng hoàn trả cho ngân sách nhà nước.
Vẫn theo cơ quan điều tra, được pháp luật giao thu hộ tiền thuế bảo vệ môi trường từ hoạt động kinh doanh xăng dầu tại Công ty Xuyên Việt Oil, nhưng bà Hạnh đã vi phạm quy định của pháp luật, cố ý sử dụng số tiền thuế bảo vệ môi trường đã thu hộ cho Nhà nước để chi vào các mục đích cá nhân mà không chuyển nộp tiền vào ngân sách theo quy định, gây thất thoát số tiền hơn 1.244 tỷ đồng.