Thanh tra phát hiện việc tổ chức đấu giá quyền sử dụng đất chưa đúng quy định về tổ chức, cá nhân tham gia đấu giá tại Điều 55, 56 và khoản 3 Điều 58 Luật Đất đai năm 2013. Việc đặt thêm quy định về chứng minh năng lực, kinh nghiệm thực hiện dự án là không đúng Điều 38 Luật Đấu giá tài sản năm 2016.
Một số dự án được cấp có thẩm quyền phê duyệt chủ trương đầu tư hoặc đã được giao đất, cho thuê đất nhưng các nhà đầu tư chậm hoặc không triển khai thực hiện, gồm: Dự án Khu du lịch nghỉ dưỡng cao cấp Cù Lao Mái Nhà của Công ty TNHH Xuân Thiện Ninh Bình; dự án Làng du lịch quốc tế ven biển TP Tuy Hòa của Công ty TNHH Bắc Âu Biệt thự và Resort; dự án Khu du lịch biển đảo cao cấp Sunrise Phú Yên của Công ty TNHH Sunrise Phú Yên; dự án Khu du lịch liên hợp cao cấp New City Việt Nam của Công ty New City Việt Nam; dự án Bệnh viện đa khoa Quốc tế Phú Yên của Công ty CP Pymepharco.
Thanh tra Chính phủ phát hiện Phú Yên xác định giá đất không đúng quy định tại nhiều dự án: Dự án Trung tâm thương mại dịch vụ showroom ô tô, khách sạn và văn phòng cho thuê Dũng Tiên; dự án Làng du lịch quốc tế ven biển TP Tuy Hòa của Công ty TNHH Bắc Âu Biệt thự Resort, dự án Khu đô thị mới Bắc Lục Khẩu (khu A) của Công ty TNHH MTV Việt Long Phú Yên.
Tỉnh này chậm phê duyệt giá đất và xác định giá trị nộp ngân sách tối thiểu tại dự án Khu dân cư phố chợ Hòa Vinh của Công ty Cổ phần đầu tư xây dựng 72 để thu tiền nộp ngân sách theo quy định.
UBND tỉnh Phú Yên chấp thuận chủ trương đầu tư dự án nhà ở xã hội Nam Hùng Vương nhưng không có trong chương trình phát triển nhà ở xã hội được phê duyệt. Việc lựa chọn nhà đầu tư dự án theo hình thức chỉ định là chưa đúng quy định của Bộ Xây dựng.
Thanh tra Chính phủ đánh giá dự án chưa đạt được mục tiêu đề ra là nhằm góp phần thực hiện thành công mục tiêu và định hướng phát triển nhà ở xã hội theo tinh thần của Chính phủ về việc đầu tư dự án nhà ở xã hội cho người có thu nhập thấp. Nhiều trường hợp không đúng đối tượng vẫn được xét mua nhà. Thậm chí, một số trường hợp không có nhu cầu sử dụng đã chuyển nhượng cho người khác; ký hợp đồng mua bán đối với 78 căn hộ thuộc diện cho thuê.
Cơ quan thanh tra cũng phát hiện cơ quan chức năng Phú Yên không đấu thầu để lựa chọn chủ đầu tư đối với dự án Khu đô thị mới Bắc Lục Khẩu (Khu A); chấp thuận chủ trương đầu tư không xem xét kỹ về nguồn gốc đất, dẫn đến vướng mắc về giải phóng mặt bằng và tạm thu tiền sử dụng đất khi chưa được giao đất. Việc này xảy ra tại dự án Đắc Lộc Hotel của Công ty TNHH Thủy sản Đắc Lộc.
Tỉnh không thẩm định nhu cầu sử dụng, điều kiện giao đất, cho thuê đất theo quy định đối với dự án Khu du lịch biển Bãi Xép; chưa thực hiện ký quỹ bảo đảm thực hiện đầu tư, phê duyệt phương án trồng rừng thay thế tại dự án Khu du lịch sinh thái biển Sao Mai của Công ty Cổ phần Xây dựng thương mại dịch vụ Sao Việt.
Phú Yên chưa kịp thời ban hành quyết định điều chỉnh bảng giá đất theo quy định của Chính phủ; xác định tiền sử dụng đất không đúng mục đích sử dụng đối với 6 dự án (đất nông nghiệp trong dự án thương mại dịch vụ), gây thất thu ngân sách nhà nước trên 21,7 tỷ đồng.
Về nợ đọng nghĩa vụ tài chính, Thanh tra Chính phủ thống kê đến ngày 30/6/2022 còn 54,6 tỷ đồng. Cục Thuế tỉnh Phú Yên chưa xác định và yêu cầu nộp tiền thuế thu nhập cá nhân khi chuyển nhượng phần vốn góp tại dự án Khu đô thị mới Bắc Lục Khẩu; tại dự án thủy điện Sơn Giang giữa Công ty Cổ phần Tư vấn xây dựng điện 4 với Công ty Cổ phần điện Sơn Giang.
Riêng tại dự án Khu du lịch sinh thái Núi Thơm, dự án khu du lịch biển Bãi Xép và dự án Khu du lịch biển Sao Mai, Thanh tra Chính phủ cho rằng cần xác định diện tích đất không đưa vào sử dụng được gia hạn để tính tiền thuê đất đối với thời gian chậm tiến độ.
Trong lĩnh vực khoáng sản, Thanh tra Chính phủ kết luận tỉnh Phú Yên để xảy ra nhiều tồn tại, sai phạm. Cụ thể, việc cấp giấy phép cho mỏ cát vật liệu xây dựng sông Đà Rằng sai quy định. Một số chủ mỏ khai thác vượt sản lượng cho phép, khai thác trước khi được thuê đất.
Việc tính tiền cấp quyền khai thác khoáng sản, thuế tài nguyên, phí bảo vệ môi trường một số mỏ chưa đúng quy định.
Cũng trong lĩnh vực này, thanh tra xác định tỉnh Phú Yên chậm thực hiện ý kiến chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ đối với dự án đầu tư khai thác mỏ vàng gốc Hòn Mò O tại xã Đức Bình Tây, huyện Sông Hinh; dự án khu đô thị cao cấp vườn Phượng Hoàng (TP Tuy Hòa) và dự án khu du lịch liên hợp cao cấp New City Việt Nam.
Ngoài ra, Thanh tra Chính phủ phát hiện việc giao đất lâm nghiệp tại tỉnh này phát sinh nhiều tranh chấp.
Tình trạng lấn chiếm, xây nhà trên đất nông nghiệp diễn ra trên diện rộng trong thời gian dài nhưng không được xử lý dứt điểm. Tiềm ẩn nguy cơ khiếu kiện đông người, phức tạp như tại TP Tuy Hòa, huyện Tuy An, huyện Tây Hòa.
Theo Thanh tra Chính phủ, trách nhiệm chính để xảy ra các sai phạm nêu trên thuộc về chủ tịch, các phó chủ tịch UBND tỉnh phụ trách lĩnh vực và lãnh đạo các sở ban ngành, địa phương các thời kỳ, các chủ đầu tư có liên quan.
Từ đó, Tổng Thanh tra Chính phủ kiến nghị Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo kiểm điểm trách nhiệm, có hình thức xử lý đối với chủ tịch UBND tỉnh và các phó chủ tịch UBND tỉnh Phú Yên qua các thời kỳ. Chỉ đạo làm rõ trách nhiệm của các tổ chức, cá nhân có liên quan.
Đồng thời, kiến nghị chủ tịch UBND tỉnh Phú Yên tổ chức kiểm điểm, làm rõ trách nhiệm để xử lý theo thẩm quyền. Chỉ đạo thủ trưởng các cơ quan, đơn vị liên quan kiểm điểm, làm rõ trách nhiệm. Khắc phục các tồn tại, hạn chế, sai phạm đã nêu trong kết luận thanh tra.
Trong quá trình thực hiện phát hiện dấu hiệu hình sự chuyển sang cơ quan chức năng xử lý.