"Pueblo" được giao nhiệm vụ trinh sát ngoài khơi bờ biển phía Đông CHDCND Triều Tiên, theo dõi hoạt động của Hạm đội Thái Bình Dương Liên Xô ở eo biển Tsushima. Chỉ rất ít người được biết rằng "Pueblo" không phải là tàu nghiên cứu hải dương, mà là tàu do thám với các thiết bị vô tuyến điện tử thông minh hiện đại.
Ngày 23 tháng 1, tàu chống tàu ngầm của Bắc Triều Tiên phát hiện có tàu Mỹ đang tiếp cận bờ biển nước mình. Nối sau tàu này, bốn tàu phóng ngư lôi của Bắc Triều Tiên được lệnh theo sát "Pueblo", máy bay chiến đấu của Bắc Triều Tiên cũng bay tuần tra trong khu vực. Người Triều Tiên đã yêu cầu tàu nước ngoài xác định quốc tịch của mình. Đáp lại, thuyền trưởng Bushehr ra lệnh truyền tín hiệu "Đang tiến hành công tác thủy văn."
Sau khi nhận được trả lời, thuyền trưởng tàu Bắc Triều Tiên cho truyền đi yêu cầu: "Chấm dứt di chuyển, hoặc chúng tôi sẽ nổ súng." Chỉ khi đó tàu Mỹ mới kéo quốc kỳ lên nhưng vẫn không chịu đổi hướng di chuyển. Theo phía Mỹ, tàu "Pueblo" ở cách bờ biển 15,8 dặm, tức là trong vùng biển quốc tế, trong khi Bắc Triều Tiên khẳng định rằng tàu tình báo Mỹ hiện diện trong vùng lãnh hải của CHDCND Triều Tiên.
Sau một cuộc truy đuổi ngắn, phía Bắc Triều Tiên bắn cảnh cáo và sau đó bắn vào boong tàu Mỹ. "Pueblo" phải giảm tốc độ. Trong khoảng thời gian đó, thủy thủ đoàn "Pueblo" đốt các tài liệu mật và tìm cách phá hủy các thiết bị tình báo. Nhưng trên con tàu này có nhiều máy móc tình báo đến nỗi để thoát khỏi chúng thì cách duy nhất là đánh chìm tàu. Thuyền trưởng Bushehr đã không làm điều đó. Không thể thoát khỏi nhóm tàu Bắc Triều Tiên, phi hành đoàn "Pueblo" buộc phải đầu hàng.
Tổng thống Mỹ Lyndon Johnson đã rất tức giận. Lập tức nhóm tàu của Hải quân Mỹ dẫn đầu là tàu sân bay hạt nhân "Enterprise" được phái đến bờ biển Bắc Triều Tiên. Phải nói là gần đó có tàu chiến Hạm đội Thái Bình Dương của Hải quân Liên Xô đang theo dõi những gì diễn ra. Cơ quan An ninh Quốc gia Hoa Kỳ và Hải quân Mỹ lo lắng hình dung những thiết bị và tài liệu bí mật nào sẽ lọt vào tay Bắc Triều Tiên và sẽ sớm được chuyển cho các chuyên gia Mát-xcơ-va. Về sau, hóa ra có khá nhiều thứ đã bị thu giữ. Nhờ thiết bị chiến lợi phẩm từ "Pueblo", các nhân viên mật mã Liên Xô đã giải mã hơn một triệu bức điện của Hải quân Mỹ.
Trong những ngày đầu tiên sau khi con tàu gián điệp bị bắt giữ, các quan chức Mỹ lớn tiếng tuyên bố đe dọa, yêu cầu thả ngay lập tức con tàu cùng thủy thủ đoàn và đòi đại diện Bắc Triều Tiên phải chính thức xin lỗi. Đáp lại, Bình Nhưỡng cho biết thủy thủ đoàn sẽ không được trao trả cho đến khi nào chính phủ Mỹ xin lỗi vì đã xâm phạm lãnh hải của Bắc Triều Tiên và tiến hành các hoạt động tình báo ở đó. Mỹ tiếp tục đe dọa rằng đã phái các đơn vị mới đến Hàn Quốc, trong nước bắt đầu tuyển dụng quân dự bị nghĩa vụ quân sự. Các tuyên bố của các nhà quân Mỹ Mỹ dường như cho thấy rằng sắp giáng đòn phạt CHDCND Triều Tiên.
Điều đó diễn ra trong khoảng hai tuần, cho đến khi Wasington hiểu được rằng không thể đe dọa Bắc Triều Tiên, đất nước đã từng trải qua cuộc chiến tranh với Hoa Kỳ. Vả lại, nếu bắt đầu một cuộc xung đột vũ trang vì một con tàu gián điệp, chắc chắn sẽ kéo theo sự tham gia của Liên Xô và Trung Quốc thì quả là điên rồ và thiếu khôn ngoan.
Các thủy thủ Mỹ bị giam trong trại Bắc Triều Tiên gần một năm. Chỉ đến tháng 12 năm 1968, chính phủ Mỹ mới đưa ra lời xin lỗi chính thức với chính quyền Bắc Triều Tiên để đổi lấy việc giải phóng phi hành đoàn "Pueblo". Ngày 23 tháng 12 năm 1968, thủy thủ Mỹ được trao trả cho cho đại diện Mỹ và chính quyền Hàn Quốc.
Tàu "Pueblo" vẫn bị giữ lại Bắc Triều Tiên. Một thời gian khá lâu, tàu đậu tại cảng Wonsan rồi được chuyển đến Bình Nhưỡng. Từ năm 1995 tàu này trở thành điểm đến thu hút khách du lịch và vui chơi giải trí cho người dân địa phương. "Pueblo" vẫn chưa bị loại trừ khỏi thành phần hải quân Mỹ. Do đó, cho đến nay, đây là con tàu duy nhất của Hải quân Hoa Kỳ bị giam giữ ở quốc gia khác. Và sự sỉ nhục này đã kéo dài suốt 47 năm qua.
