Do hậu quả vụ đánh bom này, có 22 người đã thiệt mạng, trong đó có 12 nhân viên "Bác sĩ không biên giới", ngoài ra có 37 người bị thương.
Hôm thứ Ba, chỉ huy trưởng lực lượng Mỹ tại Afghanistan, Tướng John Campbell thừa nhận rằng cuộc tấn công vào bệnh viện ở Kunduz là do Không quân Hoa Kỳ gây ra, nhưng khẳng định đó là tai nạn đáng tiếc. Mặc dù các quan chức Mỹ thừa nhận thực tế về cuộc không kích, nhưng họ kêu gọi "không vội gắn thẻ" và chờ kết quả điều tra. Để nghiên cứu tình tiết của vụ việc bi thảm này, sẽ phải lập một số nhóm (Lầu Năm Góc, chính phủ Hoa Kỳ và Afghanistan, cũng như NATO). Nhưng liệu họ có thực sự điều tra độc lập hay không?
"Các bác sĩ không biên giới" cho rằng các lực lượng an ninh Mỹ và Afghanistan hầu như đã thừa nhận tội ác chiến tranh do họ gây ra. "Theo báo cáo của chính phủ Afghanistan, "Taliban" đã sử dụng bệnh viện để bắn vào lực lượng liên quân. Những phát biểu này ngụ ý rằng quân đội Mỹ và quân đội Afghanistan cùng nhau quyết định tiêu diệt bệnh viện đang hoạt động, và điều đó tương đương với tội ác chiến tranh," — thông cáo của tổ chức "Các bác sĩ không biên giới" nêu rõ.
Trong một tuyên bố, MSF cho biết, vụ việc này là trường hợp vi phạm luật pháp quốc tế không thể chấp nhận và không thể coi là một sai lầm đơn giản. Phương án MSF xác nhận một thực tế rằng cuộc tấn công vào bệnh viện kéo dài hơn một giờ đồng hồ, máy bay Mỹ mấy lần giáng bom xuống mục tiêu. "Các bác sĩ không biên giới" bác bỏ cáo buộc rằng bệnh viện ở Kunduz được sử dụng như là cơ sở cho nhóm chiến binh "Taliban" và từ lãnh thổ bệnh viện có súng bắn lên. "Câu chuyện nơi đây là căn cứ của Taliban thật nhảm nhí. Đây là bệnh viện trung lập, có hàng rào bao quanh và bảo vệ. Bên trong chỉ có bệnh nhân và nhân viên." — chủ tịch trung tâm phẫu thuật MSF tại Brussels Maini Nicolai cho biết.
Về phần mình, phát ngôn viên của Văn phòng điều phối các vấn đề nhân đạo (OCHA) của LHQ Jens Lerke nói rằng vụ đánh bom bệnh viện sẽ có tác động tiêu cực nghiêm trọng về tình hình nhân đạo trong thành phố. "… Ít nhất ba nghìn người hiện đang ở Kunduz không được chăm sóc y tế đầy đủ", — ông Maini Nicolai nói.
Moskva cho ra rằng đây không phải là lần đầu tiên dân thường ở Afghanistan bị thiệt mạng do Mỹ sử dụng bừa bãi các loại vũ khí. "Điều đáng băn khoăn là các cuộc tấn công vẫn được thực hiện, mặc dù bệnh viện đã cung cấp tọa độ chính xác cho liên quân quốc tế để ngăn chặn các cuộc tấn công có thể," — phát ngôn viên Bộ Ngoại giao Nga Maria Zakharova tuyên bố.
