Số phận ban chỉ huy Hạm đội Thổ Nhĩ Kỳ đến nay cũng chưa được rõ.
Như thông báo của The Times dẫn nguồn tin riêng, sau nỗ lực đảo chính Hải quân Thổ Nhĩ Kỳ kiểm điểm thấy thiếu 14 tàu chiến. Chỉ huy Hạm đội là Đô đốc Veysel Kezeli cũng không bắt liên lạc từ 16 tháng Bảy. Đồng thời chưa biết là ông này đang bị phái nổi loạn bắt cóc làm con tin, hay chính ông cũng thuộc số các thủ lĩnh đảo chính.
Trước khi nổ ra đảo chính, những con tàu trong số thiếu vắng này đang làm nhiệm vụ trực chiến tại vùng biển Aegean và Biển Đen. Theo thông tin của The Times, mặc dù có thể xác định vị trí của các con tàu bằng radar hay vệ tinh, nhưng tàu đã không trở về cảng. Thực trạng các con tàu không liên lạc với Ban chỉ huy hải quân đã khơi lên suy đoán rằng một số tàu có thể đã đến hải cảng của Hy Lạp. Sau cố gắng đảo chính ngày 16 tháng Bảy, có 8 sĩ quan Thổ Nhĩ Kỳ đã xin tị nạn ở Hy Lạp, họ đến đó bằng máy bay trực thăng.
Theo phản ánh của truyền thông Thổ Nhĩ Kỳ, mà The Times dẫn nguồn, những người trên tàu ủng hộ đảo chính đã lừa Đô đốc Kezeli khi thông báo với ông này là xảy ra cuộc tấn công khủng bố. Chính phủ Thổ Nhĩ Kỳ từ chối bình luận về sự cố với chỉ huy Hạm đội, nhưng khẳng định đang truy nã các nghi phạm kích động nổi loạn.
