Theo truyền thuyết, hai ngàn năm trước đây, Tông đồ Andrei, môn đệ đầu tiên của Chúa Kitô đã đến nơi này. Quá ấn tượng trước vẻ đẹp diệu kỳ, Tông đồ ban phước cho Balaam và báo trước rằng tại đây sẽ xuất hiện một tu viện Thiên chúa giáo. Lời tiên đoán đã ứng nghiệm: tu viện được xây dựng trên đảo đã trở thành một trong những trung tâm tinh thần của Giáo hội Chính thống Nga.
Lần đầu tiên, Tu viện Valaam được nhắc đến trong biên niên sử thế kỷ XIV. Có nhiều truyền thuyết về cuộc đời thánh thiện của các tu sỹ, hàng ngàn khách lặn lội hành hương về "đảo thánh" dù chỉ một lần trong đời. Con đường đến Valaam xa xôi và nguy hiểm, ngay cả các bức tường tu viện không phải lúc nào cũng bảo vệ khỏi tai họa. Tọa lạc trên biên giới giữa Nga và Thụy Điển, trong các cuộc chiến tranh, tu viện thường bị tấn công và cướp bóc. Khủng khiếp nhất là cuộc tàn sát của quân xâm lăng Thụy Điển vào năm 1580: khi đó tu viện bị phá hủy hoàn toàn, các tu sĩ bị giết chết. Khi đó, Balaam chuyển sang quyền cai quản của vua Thụy Điển.
Chỉ đến thế kỷ XVIII, quân đội Nga mới giải phóng được đảo Balaam. Năm 1715, Nga Hoàng ra chỉ dụ phục chế Tu viện Valaam. Nhưng chẳng bao lâu sau một tai họa lại xảy ra: trận hỏa hoạn lớn đã phá hủy các phòng tu và giáo đường. Tuy nhiên, nhờ sự đóng góp hào phóng của giáo dân, tu viện Valaam lại được hồi sinh lần nữa. Tu viện trở thành một trung tâm truyền giáo: từ đây các tu sĩ được gửi đi rao giảng đức tin Chính thống tận vùng Siberia và Alaska xa xôi, những nơi mà tại thời điểm đó người Nga đang tiến hành những chuyến thám hiểm đầu tiên.
Vào cuối thế kỷ XIX, Nhà thờ Chúa Hiển Dung được xây dựng trên đảo Valaam. Nhà thờ gây ấn tượng mạnh đối với người đương thời. "Giáo đường này là vẻ đẹp và niềm tự hào của tu viện Valaam. Từ khắp mọi nơi đều có thể nhìn thấy sự thanh cao, thẩm mỹ và sự hài hòa màu sắc của nó."- một trong những người hành hương đã viết. Tháp chuông cao 72 mét của tu viện Balaam vút lên trời cao như một mũi tên. Trong số chuông của nhà thờ có chiếc chuông khổng lồ16 tấn vọng khắp cả vùng 40 km.
Balaam là đảo núi, vì vậy các tu sĩ phải lấy nước từ hồ Ladoga mang lên tu viện ở trên sườn dốc. Về mùa đông, lối đi phủ tuyết, xách xô nước đầy đi trên băng trơn không phải dễ dàng. Vào cuối thế kỷ XIX, tu viện có đường ống và sử dụng động cơ nồi hơi để bơm nước. Mỗi giờ, cái máy kỳ dị vào thời đó bơm lên cho các tu sĩ 10 000 lít nước hồ một cách dễ dàng. Về sau, những người thợ khéo tay của tu viện đã hoàn thiện chiếc máy: nó có thể giúp các tu sĩ cưa củi và xay bột.
Những năm đầu thế kỷ XX là thời kỳ mà tu viện phát triển mạnh mẽ. Trong tu viện có cả khách sạn cho dân hành hương, thư viện, có xưởng thuộc da và trang trại. Các vườn rau và vườn cây ăn trái của tu viện cho mùa thu hoạch lớn — chỉ riêng táo đã có đến 60 loại. Nhưng rồi năm 1917 đã diễn ra cuộc cách mạng ở Nga. Balaam được nhượng lại cho Phần Lan, trên đảo có một đơn vị quân đội. Thời chiến tranh Liên Xô-Phần Lan 1939-1940, tu viện bị tổn thất nặng nề, nhiều tòa nhà bị phá hủy, nhưng may mắn là vẫn giữ được nhà thờ Chúa Hiển Linh và thư viện gần 30 000 quyển.
Sau chiến tranh, Balaam được trả cho Liên Xô. Chính quyền mới đóng cửa tu viện, các tu sĩ phải di tản sang Phần Lan. Các tòa nhà của tu viện trở thành ký túc xá trường Hàng hải, cửa hàng rau, câu lạc bộ, nhà dưỡng lão… Tu viện dần dần bị hư hỏng và đổ nát. Chỉ đến năm 1979, mọi thứ thay đổi hoàn toàn khi tu viện Valaam được phong cơ chế bảo tàng. Các nhà phục chế đã cứu tu viện khỏi cảnh hoang tàn. Rồi ngay trước khi Liên bang Xô viết sụp đổ, các tu sĩ trở lại, mở ra một trang mới trong lịch sử "đảo thánh".
Ngày nay, Tu viện Valaam trở về cơ chế trung tâm tinh thần của Giáo hội Chính thống giáo Nga. Mỗi năm, hàng trăm ngàn du khách và người hành hương đến thăm đảo thánh. Theo lời một giáo sĩ, "Balaam, nơi ta nhìn thấy những vách đá và núi cao, sẽ trở thành tầm cao tâm linh để ta đến với ngôi đền trên Thiên Đường."
