Theo người phát ngôn, một thủy thủ được nghỉ phép để chăm sóc mẹ đang nằm viện. Người thứ hai được phép rời khỏi tàu vào phút cuối trước khi tàu ra khơi — người này đã nhiều ngày xin phép chỉ huy tàu lên bờ để hoàn tất thủ tục mua nhà mới. Mẹ của thủy thủ này kẻ lại trong cuộc phỏng vấn với tờ báo.
Trước đó, có thông tin trên tàu ngầm "San Juan" bị mất tích có 44 người chứ không chỉ 37 thủy thủ theo như qui định, 7 người dư ra không phải là các thủy thủ tàu ngầm. Trong số đó có hai người là lính bơi lội từ đơn vị đặc nhiệm Buzos Tacticos của Hải quân Argentina, một cán bộ của Cơ quan Tình báo Hải quân.
Chiếc tàu ngầm ngừng liên lạc vào ngày 15 tháng 11. Trong lần liên lạc cuối cùng, thủy thủ đoàn tàu đã báo cáo về sự cố trên tàu. Hải quân Argentina cũng thông báo có một vụ nổ khả năng liên quan đến sự biến mất của "San Juan".