Các Bộ trưởng Quốc phòng ASEAN cũng đạt kết quả cao. Có thể nói họ đã thực hiện những bước đi quan trọng trong ba hướng: thỏa thuận tăng cường các biện pháp chống khủng bố xuyên biên giới, tạo lập cấu trúc bảo vệ chống nguy cơ sử dụng vũ khí hóa học, sinh học và phóng xạ. Nhưng đáng chú ý nhất là các đại diện ASEAN đã ký kết Hướng dẫn phòng ngừa sự xích gần không lường trước của máy bay quân sự trên bầu trời Biển Đông.
Bản Hướng dẫn khuyến cáo các phi công không tiếp cận khu vực hoạt động của máy bay thuộc các quốc gia khác, không mô phỏng các cuộc tấn công và những thủ thuật có thể xem như động tác chuẩn bị sử dụng vũ khí. Các phi công cũng nên tránh những cử chỉ và ngôn từ xúc phạm trong các chuyến bay.
Theo thừa nhận chung, các điều mục của văn kiện này không mang tính ràng buộc, nhưng không vì thế mà giảm giá trị của bản Hướng dẫn. Bộ trưởng Quốc phòng Singapore Ng Eng Hem, chủ trì cuộc gặp khi tuyên bố bảo vệ văn kiện đã đưa ra so sánh như sau: "Văn kiện giống như chiếc đai an toàn, nó không bảo vệ được hoàn toàn, nhưng cung cấp chí ít là sự bảo vệ nào đó".
Việc ký kết bản Hướng dẫn là bước đi quan trọng trên con đường tiến tới hình thành bầu không khí hòa bình và an ninh lâu bền ở vùng Biển Đông. Trước đó, các nước ASEAN đã thông qua Bộ quy tắc phòng ngừa sự xích gần ngoài kế hoạch trên biển, đã chuẩn bị phiên bản dự thảo Quy tắc ứng xử cho các bên ở Biển Đông. Có thể những biện pháp về hình thành hệ thống an ninh khu vực không quá ấn tượng đối với các quan sát viên bên ngoài, nhưng lại là những thỏa thuận hoàn toàn thực tế và đầy triển vọng.