Trước đó, ngày 16.7, Ủy viên Bộ Chính trị — Phó thủ tướng thường trực Trương Hòa Bình chỉ đạo Văn phòng Chính phủ yêu cầu Tổng cục Hải quan thực hiện lại kiểm điểm đối với người đứng đầu Cục Hải quan TP.HCM và Chi cục Hải quan cửa khẩu Sài Gòn khu vực 1 (viết tắt CCHQ KV1), xem xét có hình thức xử lý kỷ luật phù hợp trong việc để 213 container hàng hóa quá cảnh "mất tích".
Ngày 21.8, Hội đồng kỷ luật (Tổng cục Hải quan) họp làm rõ nguyên nhân và kiểm điểm trách nhiệm, kiến nghị hình thức kỷ luật đối với các lãnh đạo có trách nhiệm liên quan, gồm: ông Phan Minh Lê, Chi cục trưởng CCHQ KV1 từ ngày 1.4.2011 — 15.6.2015,
Phó cục trưởng Cục Hải quan TP.HCM trực tiếp phụ trách CCHQ KV1 từ ngày 30.6.2015 — 15.8.2015 và ông Lê Đình Lợi, Phó cục trưởng Cục Hải quan TP.HCM phụ trách CCHQ KV1 từ ngày 1.1 — 30.6.2015 và từ ngày 15.8.2015 — 1.3.2016.
Theo hội đồng kỷ luật, công chức Lê Vũ Nam (hiện đang bị cơ quan CSĐT tạm giam để điều tra làm rõ vụ việc, trước đây công tác tại CCHQ KV1, vào thời điểm xảy ra vụ việc không còn làm công chức ở CCHQ KV1), lợi dụng sự thông thạo ở đơn vị cũ và sơ hở quy trình, hệ thống, móc nối với các đối tượng bên ngoài cố tình vi phạm; thành lập hàng loạt các "doanh nghiệp ma" để thực hiện hành vi vi phạm…
Theo đó, xử lý trách nhiệm đối với ông Lê: không đề nghị tặng "Huân chương Lao động hạng ba", hủy quyết định nâng lương trước hạn do lập thành tích xuất sắc trong năm 2017", hạ phân loại từ mức "Hoàn thành xuất sắc nhiệm vụ" xuống mức "Hoàn thành nhiệm vụ nhưng còn hạn chế năng lực" và thu hồi danh hiệu "Lao động tiên tiến", "Chiến sĩ thi đua cơ sở" năm 2017. Đối với ông Lợi: không đề nghị tặng "Huân chương Lao động hạng ba"; hạ phân loại từ mức "Hoàn thành xuất sắc nhiệm vụ" xuống mức "Hoàn thành tốt nhiệm vụ" và thu hồi danh hiệu "Chiến sĩ thi đua cơ sở" năm 2017.