Trong kết luận thanh tra, Bộ Giao thông Vận tải cho biết, nội dung tố cáo "Chỉ định nhà đầu tư các trạm dừng nghỉ trái luật: gồm các trạm trên tuyến cao tốc Cầu Giẽ — Ninh Bình, Nội Bài — Lào Cai, TP Hồ Chí Minh — Long Thành — Dầu Giây" là có cơ sở.
Sai sót được Bộ Giao thông Vận tải chỉ rõ là Chủ tịch Hội đồng thành viên VEC ký hợp đồng với các nhà đầu tư xây dựng các trạm dừng nghỉ: Cầu Giẽ — Ninh Bình, Nội Bài — Lào Cai, TP Hồ Chí Minh — Long Thành — Dầu Giây không thông qua đấu thầu là chưa đúng quy định của Luật Đấu thầu số 43/2013/NĐ-CP, Nghị định 85/2009/NĐ-CP và quy định của Luật Đầu tư.
"Nguyên nhân để xảy ra sai sót là do lỗi chủ quan của Hội đồng thành viên và trách nhiệm chính là Chủ tịch Hội đồng thành viên VEC, Tổng giám đốc, Phó tổng giám đốc, các cá nhân, tổ chức tham mưu ký hợp đồng với các nhà đầu tư xây dựng các trạm dừng nghỉ không thông qua đấu thầu", văn bản của Bộ nêu rõ.
Cũng theo kết luận của Bộ Giao thông Vận tải, trách nhiệm chính để xảy ra sai sót thuộc về Chủ tịch Hội đồng thành viên (ký nghị quyết và ký hợp đồng), thành viên Hội đồng thành viên; cá nhân, tổ chức của VEC tham mưu trong việc ký nghị quyết và ký hợp đồng.
Trên cơ sở đó, Bộ Giao thông Vận tải kiến nghị Ủy ban Quản lý vốn Nhà nước tại doanh nghiệp xử lý trách nhiệm đối với nguyên Chủ tịch Hội đồng thành viên, thành viên Hội đồng thành viên Tổng công ty Đầu tư phát triển đường cao tốc Việt Nam sai sót do ban hành nghị quyết, ký hợp đồng với các nhà đầu tư trạm dừng nghỉ: Cầu Giẽ — Ninh Bình, Nội Bài — Lào Cai, TP Hồ Chí Minh — Long Thành — Dầu Giây không thông qua đấu thầu.
Theo kết luận thanh tra của Bộ Giao thông Vận tải, trong giai đoạn 2014 — 2015, Hội đồng thành viên VEC đã ban hành nghị quyết chấp thuận chủ trương và Chủ tịch Hội đồng thành viên VEC đã ký hợp đồng với các nhà đầu tư, không thông qua đấu thầu đối với 8 trạm dừng nghỉ trên các tuyến cao tốc gồm: Trạm dừng nghỉ Km227+000 (cao tốc Cầu Giẽ — Ninh Bình), trạm dừng nghỉ Km22+900 (Nội Bài — Lào Cai), trạm dừng nghỉ Km57+500 (cao tốc Nội Bài — Lào Cai), trạm dừng nghỉ Km117+500 (cao tốc Nội Bài — Lào Cai), trạm dừng nghỉ Km171+500 (bên trái và phải tuyến cao tốc Nội Bài — Lào Cai), trạm dừng nghỉ Km236+940 (cao tốc Nội Bài — Lào Cai) và trạm dừng nghỉ Km41+100 (cao tốc TP Hồ Chí Minh — Long Thành — Dầu Giây).
Liên quan đến kết luận thanh tra này, chiều 1/2, trao đổi với phóng viên, một lãnh đạo VEC cho biết, việc chỉ định thầu các trạm dừng nghỉ trên 3 tuyến cao tốc trên diễn ra trong giai đoạn 2014 — 2015. Thời điểm đó, người đại diện pháp luật, ký ban hành nghị quyết và hợp đồng giữa VEC với các nhà đầu tư là ông Trần Quốc Việt, Chủ tịch Hội đồng thành viên, đã nghỉ chế độ từ ngày 1/6/2017. Trong thời gian tới, VEC sẽ có văn bản báo cáo Bộ Giao thông Vận tải về việc thực hiện các nội dung trong kết luận thanh tra.