Ngày 26/3/2019, Tòa án nhân dân cấp cao tại Hà Nội đã tiến hành xem xét kháng cáo quá thời hạn của Bộ trưởng Bộ Giáo dục và Đào tạo.
Phiên họp diễn ra có các Thẩm phán, Đại diện Viện kiểm sát Nhân dân Thành phố Hà Nội.
Phía Bộ Giáo dục và Đào tạo có ông Nguyễn Văn Phúc – Thứ trưởng Bộ Giáo dục và Đào tạo, đồng thời là người đại diện theo ủy quyền của Bộ trưởng Bộ Giáo dục và Đào tạo, được triệu tập đến phiên họp để giải trình một số nội dung liên quan đến việc kháng cáo quá thời hạn.
Ngày 14/12/2018, Tòa án nhân dân Thành phố Hà Nội ban hành bản án số 197/2018/HCST chấp nhận yêu cầu khởi kiện của ông Hoàng Xuân Quế, yêu cầu hủy Quyết định số 4674/QĐ-BGDĐT ngày 11/10/2013 của Bộ trưởng Bộ Giáo dục và Đào tạo “Về việc thu hồi bằng tiến sĩ ngành kinh tế của ông Hoàng Xuân Quế, Trường Đại học Kinh tế Quốc dân”.
Kiến nghị Bộ Giáo dục và Đào tạo, các cơ quan chức năng có thẩm quyền khôi phục lại học hàm, học vị cho ông Hoàng Xuân Quế.
Sau khi xem xét giải trình của Bộ Giáo dục và Đào tạo, Hội đồng không chấp nhận việc kháng cáo quá thời hạn của Bộ trưởng Bộ Giáo dục và Đào tạo; Viện kiểm sát nhân dân cấp cao tại Hà Nội cũng đề nghị không chấp nhận kháng cáo quá hạn của Bộ Giáo dục và Đào tạo; đồng thời bản án sơ thẩm số 197/2018/HCTS ngày 14/12/2018 của Tòa án nhân dân Thành phố Hà Nội có hiệu lực ngay lập tức.
Như vậy tất cả những văn bản quản lý đã ban hành căn cứ vào Quyết định (vô hiệu) số 4674/QĐ-BGDĐT của Bộ trưởng Bộ Giáo dục và Đào tạo đều bị vô hiệu.
Dư luận xã hội hết sức đồng tình và đánh giá cao sự công minh của Hội đồng xét xử sơ thẩm cũng như Tòa án cấp cao tại Hà Nội, trả lại công bằng cho Phó Giáo sư - Tiến sĩ Hoàng Xuân Quế.