Trong văn bản, Thứ trưởng Bộ GTVT Lê Anh Tuấn cho biết:
"Bộ GTVT nhận thấy phương án xây cầu Mã Đà và mở đường xuyên Khu dự trữ sinh quyển thế giới (khu bảo tồn) kinh phí rất lớn, ảnh hưởng diện tích rừng. Do vậy, Bộ GTVT kiến nghị lựa chọn phương án không làm đường đi xuyên vùng lõi Khu dự trữ sinh quyển thế giới ở Đồng Nai".
Theo Thứ trưởng Lê Anh Tuấn, việc nghiên cứu bổ sung phương án kết nối tỉnh Bình Phước với đường vành đai 4 TPHCM, không qua cầu Mã Đà là khả quan nhất.
Bộ GTVT nhận định phương án này giúp nối Đồng Xoài qua Vành đai 4, là con đường ngắn và kinh phí đầu tư ít nhất. Tuyến sẽ tận dụng Vành đai 4 để liên kết các tỉnh Tây Nguyên về sân bay Long Thành và cảng nước sâu Cái Mép - Thị Vải, tận dụng nhiều tuyến đường đã làm từ trước. Ngoài ra, đường sẽ ảnh hưởng thấp nhất khu dự trữ sinh quyển Đồng Nai.
Bộ GTVT đề xuất Thủ tướng giao UBND tỉnh Bình Phước chủ trì, phối hợp UBND tỉnh Bình Dương, Đồng Nai thực hiện dự án.
Động thái của Bộ GTVT thực hiện theo yêu cầu cách đây hơn ba tháng của Thủ tướng về việc nghiên cứu phát triển giao thông giúp Bình Phước kết nối vùng Đông Nam Bộ. Bình Phước nhiều lần đề xuất xây cầu Mã Đà và quốc lộ 13C kết nối sân bay Long Thành, cảng nước sâu Cái Mép - Thị Vải. Tuy nhiên, hai dự án này nguy cơ tác động khu dự trữ sinh quyển thế giới nên Đồng Nai phản đối.
Theo UNESCO, việc xây dựng đường cao tốc đi qua vùng lõi của Khu dự trữ sinh quyển thế giới Đồng Nai làm hệ sinh thái bị chia cắt dẫn đến mất tính liên tục, sự liên kết của các hành lang đa dạng sinh học bị phá vỡ, ảnh hưởng xấu đến môi trường sống của các loài động vật quý hiếm và làm chết động vật hoang dã do phương tiện lưu thông trên đường, gây ra ô nhiễm đất, nước và không khí do chính quá trình xây dựng đường gây ra.