Tại kết luận này, Thanh tra TP Hà Nội chỉ ra một số tồn tại, hạn chế của dự án trên, trong đó có việc giám sát, sử dụng các nhà thầu phụ tham gia thực hiện gói thầu CP-01, CP-02.
Cụ thể: Tại thời điểm điều chỉnh giá gói thầu CP01 và gói thầu PC02, Chủ đầu tư chưa thực hiện việc lập dự toán điều chỉnh theo phương pháp bù trừ trực tiếp, hệ số điều chỉnh hoặc phương pháp điều chỉnh bằng chỉ số giá xây dựng theo quy định tại Nghị định số 112/2009/NĐ-CP ngày 14/12/2009 và Nghị định số 48/2010/NĐ-CP ngày 07/5/2010, dẫn tới việc thanh toán, quyết toán gói thầu CP01, CP02 chưa chính xác.
Việc ký hợp đồng với nhà thầu khi chưa GPMB theo đúng tiến độ, chưa xác định được kế hoạch bàn giao mặt bằng, di chuyển chướng ngại vật nhưng không thương thảo để điều chỉnh kế hoạch bàn giao mặt bằng (Gói thầu CP-01, CP-02, CP-03).
Về tiến độ thời gian GPMB còn chậm. UBND quận Đống Đa ban hành thông báo thu hồi đất năm 2012 và bàn giao mặt bằng (Ga S10, 11) từ năm 2016-2022 mới xong (việc chậm chủ yếu ở giai đoạn 2016 - 2020); UBND quận Hoàn Kiếm ban hành thông báo thu hồi đất năm 2013 và bàn giao mặt bằng (Ga S12) từ năm 2017-2019 mới xong; UBND quận Ba Đình ban hành thông báo thu hồi đất năm 2013 và bàn giao mặt bằng (Ga S9) từ năm 2016-2022 mới xong là chưa thực hiện đúng về thời gian theo quy định tại Điều 67, Điều 68, Điều 69 , Điều 70, Điều 93 Luật Đất Đai năm 2013; Khoản 2, Điều 108 Luật Xây Dựng số 50/2014/QH132: "Thời hạn GPMB xây dựng phải đáp ứng yêu cầu tiến độ thực hiện dự án đã được phê duyệt hoặc quyết định của người có thẩm quyền"; chưa thực hiện đúng tiến độ GPMB theo chỉ đạo của UBND TP Hà Nội.
Thanh tra TP Hà Nội cho rằng, việc chậm bàn giao mặt bằng cho nhà thầu dẫn đến dự án bị kéo dài, làm tăng chi phí thực hiện dự án. Ban cán sự Đảng UBND TP Hà Nội đã báo cáo sự việc ra Thường trực, Thường vụ, Ban chấp hành Đảng bộ Thành phố xem xét báo cáo Thủ tướng Chính phủ.
UBND TP Hà Nội cũng nêu rõ việc chậm tiến độ và phải điều chỉnh thời gian thực hiện dự án có nguyên nhân do công tác giải phóng mặt bằng và di dời hạ tầng kỹ thuật còn chậm trễ; năng lực thực hiện dự án của chủ đầu tư và sự phối hợp giữa tư vấn, chủ đầu tư và các sở ngành thành phố còn nhiều hạn chế; ảnh hưởng của Covid-19.
Thanh tra TP Hà Nội cho rằng, trách nhiệm của vấn đề trên thuộc lãnh đạo Ban quản lý đường sắt đô thị Hà Nội qua từng thời kỳ từ 2013-2022.
Thanh tra thành phố đề nghị UBND TP Hà Nội giao Sở Nội vụ xem xét trách nhiệm của các tổ chức và cá nhân để xảy ra các tồn tại nêu trên; đồng thời tham mưu cho UBND TP Hà Nội xử lý theo quy định.
UBND TP Hà Nội chỉ đạo Ban quản lý đường sắt đô thị khẩn trương di chuyển các công trình hạ tầng kỹ thuật để bàn giao mặt bằng cho nhà thầu thực hiện dự án.
Trước đó, năm 2009, thời điểm khởi công dự án, TP Hà Nội dự kiến khai thác thương mại tuyến đường sắt đô thị Nhổn - ga Hà Nội vào năm 2015. Thời điểm đó, dự án có tổng mức đầu tư là 783 triệu Euro (vốn vay 653 triệu Euro, đối ứng 130 triệu Euro).
Đến năm 2014, dự án được điều chỉnh tổng mức đầu tư lên 1,176 tỷ Euro (vốn vay là 957,99 triệu Euro, đối ứng 218 triệu Euro). Tháng 5/2023, dự án tiếp tục được điều chỉnh tổng mức đầu tư lên khoảng 1,3 tỷ Euro; thời gian thực hiện dự án từ năm 2009 đến 2027.