Theo báo cáo tổng kết Nghị quyết 18 và phương án sắp xếp tổ chức bộ máy của Ban cán sự Đảng UBND thành phố, Hà Nội sẽ duy trì 10 sở và tương đương. Trong đó, 4 sở và cơ quan tương đương sẽ tiếp tục hoạt động theo định hướng của Ban Chỉ đạo Trung ương, bao gồm Văn phòng UBND, Thanh tra thành phố, Sở Tư pháp và Sở Văn hóa - Thể thao.
Việc giữ lại 5 sở và một cơ quan tương đương do tính đặc thù và chuyên sâu của các lĩnh vực như quy hoạch đô thị và xây dựng, nhằm phát huy tiềm năng và thế mạnh của Thủ đô.
Ngoài ra, Hà Nội cũng sẽ thực hiện sắp xếp, hợp nhất một số sở theo chủ trương của Trung ương. Cụ thể, hợp nhất Sở Kế hoạch và Đầu tư và Sở Tài chính, dự kiến mang tên mới là Sở Kinh tế - Tài chính (thực hiện chức năng quản lý nhà nước về các ngành, lĩnh vực hiện đang giao Sở Tài chính và Sở Kế hoạch và Đầu tư).
Hợp nhất Sở Tài nguyên và Môi trường với Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, dự kiến đổi tên là Sở Nông nghiệp và Môi trường.
Hợp nhất Sở Thông tin và Truyền thông với Sở Khoa học và Công nghệ, dự kiến đổi tên thành Sở Khoa học, Công nghệ và Truyền thông.
Hợp nhất Sở Lao động - Thương binh và Xã hội với Sở Nội vụ, dự kiến đổi tên thành Sở Nội vụ và Lao động.
Sở Y tế dự kiến tiếp nhận chức năng quản lý nhà nước về bảo trợ xã hội; trẻ em; phòng, chống tệ nạn xã hội từ Sở Lao động - Thương binh và Xã hội.
Sở Giáo dục và Đào tạo dự kiến tiếp nhận chức năng quản lý nhà nước về giáo dục nghề nghiệp từ Sở Lao động - Thương binh và Xã hội.
Sở Công Thương tiếp nhận nguyên trạng Cục Quản lý thị trường địa phương từ Bộ Công Thương và tổ chức lại thành Chi cục Quản lý thị trường thuộc Sở Công Thương.
Hà Nội dự kiến không duy trì Ban Dân tộc trực thuộc UBND TP; chuyển chức năng, nhiệm vụ, tổ chức bộ máy và biên chế của ban này về Sở Nội vụ và thực hiện kiện toàn tổ chức bộ máy bên trong cho phù hợp.
Hà Nội cũng đề xuất hợp nhất Ban Quản lý các khu công nghiệp và chế xuất và Ban Quản lý khu công nghệ cao Hòa Lạc. Tên gọi sau sắp xếp dự kiến là Ban Quản lý Khu công nghệ cao và Khu công nghiệp TP.
Giải thể Trung tâm Xúc tiến đầu tư, thương mại, du lịch TP Hà Nội, chuyển chức năng, nhiệm vụ về các cơ quan có liên quan.