Cũng vào ngày này, hệ thống tàu điện ngầm Moskva đã khai trương tuyến Zamoskvoretsky. Việc xây dựng các nhà ga mới vẫn tiếp tục, ngay cả khi thủ đô bị đánh bom. Tổng cộng, trong Chiến tranh Vệ quốc vĩ đại, 7 nhà ga tàu điện ngầm mới đã được khánh thành trên hai tuyến mới – Zamoskvoretsky và Pokrovsky.
Trong những tháng đầu của cuộc chiến chống phát xít Đức, việc xây dựng các ga mới phải khẩn cấp đóng băng. Mùa thu năm 1941, khi quân Đức tiến gần thủ đô, thành phố gần như không còn tàu điện ngầm. Giữa tháng 10 năm 1941, sắc lệnh “Về việc sơ tán thủ đô Liên Xô” được ban hành, sau đó, những gì mà các nhà sử học gọi là cơn hoảng loạn ở Moskva bắt đầu. Ngày 15 tháng 10, ông Lazar Kaganovich, người đứng đầu Ủy ban Đường sắt Nhân dân ra lệnh thực hiện các biện pháp phá hủy tuyến tàu điện ngầm. Các nhà ga và đường hầm phải bị ngắt điện, rải mìn hoặc chuẩn bị cho tình trạng tháo ngập nước. Sáng ngày 16 tháng 10, lần đầu tiên trong lịch sử, hệ thống tàu điện ngầm đóng cửa không đón hành khách. Tuy nhiên, sau khi đánh giá hậu quả, chính phủ đã nhanh chóng hủy bỏ quyết định. Buổi tối hôm đó, giao thông theo tuyến Kirovsky đã trở lại bình thường và ngày hôm sau, tuyến Gorky tái hoạt động. Từ đó, hệ thống tàu điện ngầm Moskva không bao giờ đóng cửa nữa.