Theo quyết định này, Danh mục bí mật nhà nước trong lĩnh vực khoa học và công nghệ được phân chia thành ba mức độ gồm: tuyệt mật, tối mật và mật.
Ở cấp độ cao nhất - “tuyệt mật” - là các thông tin liên quan đến những nhiệm vụ hoặc chương trình khoa học, công nghệ và đổi mới sáng tạo đặc biệt, phục vụ trực tiếp cho quốc phòng, an ninh, có ý nghĩa quyết định đối với năng lực tác chiến phòng thủ và nhiệm vụ bảo vệ Tổ quốc.
Các thông tin như chương trình, thuyết minh, báo cáo tiến độ, báo cáo tổng hợp, báo cáo kết quả, sản phẩm, quyết định phê duyệt, hợp đồng giao nhiệm vụ, báo cáo thẩm định cùng toàn bộ văn bản, tài liệu liên quan trong suốt quá trình xây dựng, triển khai và đánh giá đều được xếp vào diện bảo vệ ở mức cao nhất.
Cấp độ “tối mật” bao gồm thông tin về những nhiệm vụ hoặc chương trình khoa học, công nghệ và đổi mới sáng tạo đặc biệt, có tác động trực tiếp đến quốc phòng, an ninh và việc bảo vệ chủ quyền quốc gia, ngoại trừ các nội dung thuộc nhóm “tuyệt mật”. Các tài liệu thuộc nhóm này cũng bao trùm toàn bộ vòng đời của nhiệm vụ, từ chương trình, thuyết minh, các loại báo cáo, sản phẩm cho đến báo cáo thẩm định, quyết định phê duyệt, hợp đồng giao nhiệm vụ và những văn bản liên quan.
Phạm vi rộng nhất thuộc về danh mục bí mật nhà nước mức độ “mật”. Trước hết, nhóm này bao gồm các báo cáo, tờ trình, văn bản xin ý kiến liên quan đến chủ trương, chính sách mới trong hoạt động khoa học, công nghệ, đổi mới sáng tạo và chuyển đổi số phục vụ quốc phòng, an ninh, trừ những nội dung đã được xếp vào nhóm “tối mật” và “tuyệt mật”.
Bên cạnh đó là các thông tin về chiến lược, quy hoạch, kế hoạch và chương trình phối hợp giữa Bộ Khoa học và Công nghệ với Bộ Quốc phòng, Bộ Công an có nội dung phục vụ nhiệm vụ quốc phòng, an ninh.
Danh mục “mật” còn bao gồm thông tin về các nhiệm vụ, chương trình khoa học, công nghệ và đổi mới sáng tạo ở cấp quốc gia, cấp bộ hoặc địa phương, trong trường hợp nội dung liên quan đến quốc phòng, an ninh; chủ quyền lãnh thổ; nhân quyền; tôn giáo, dân tộc; hoặc các vấn đề kinh tế - xã hội, y tế đặc biệt quan trọng, có ảnh hưởng đến lợi ích quốc gia, dân tộc.
Đối với các chương trình này, toàn bộ hồ sơ từ thuyết minh, báo cáo tiến độ, báo cáo tổng hợp, báo cáo kết quả, sản phẩm cho đến quyết định phê duyệt, hợp đồng giao nhiệm vụ và các tài liệu liên quan khác đều thuộc diện phải được bảo vệ.
Các sáng chế cũng được đưa vào danh mục bí mật nhà nước ở mức độ “mật” nếu phục vụ quốc phòng, an ninh hoặc có ý nghĩa đặc biệt quan trọng đối với phát triển kinh tế - xã hội. Theo quy định, các tài liệu như tờ khai đăng ký sáng chế, bản mô tả, bản tóm tắt trong hồ sơ đăng ký, văn bằng bảo hộ sáng chế cùng các văn bản trao đổi trong quá trình thẩm định đều được xác định là tài liệu mật.
Trong lĩnh vực năng lượng nguyên tử, an toàn bức xạ và hạt nhân, việc quản lý được thực hiện chặt chẽ. Các thông tin như văn bản xin chấp thuận chủ trương xây dựng cơ sở hạt nhân; thuyết minh, bản vẽ thiết kế, hồ sơ dự toán của các hạng mục bảo đảm an ninh; kế hoạch bảo đảm an ninh của cơ sở hạt nhân; kế hoạch an ninh trong vận chuyển, sử dụng và lưu giữ nhiên liệu, vật liệu hạt nhân đều được xếp vào diện bí mật nhà nước mức độ “mật”.
Ngoài ra, các kế hoạch, phương án, báo cáo kết quả ứng phó sự cố bức xạ, sự cố hạt nhân, sự cố phóng xạ xuyên biên giới; số liệu quan trắc phóng xạ trong tình huống sự cố; kế hoạch diễn tập ứng phó; cũng như các chương trình, kế hoạch, dự án hợp tác quốc tế về nhiên liệu và vật liệu hạt nhân cũng thuộc nhóm thông tin mật.
Trong lĩnh vực thông tin và viễn thông, danh mục “mật” bao gồm các văn bản liên quan đến phân bổ tần số vô tuyến điện phục vụ quốc phòng, an ninh; các trao đổi giữa Bộ Khoa học và Công nghệ với Bộ Quốc phòng, Bộ Công an về việc xử lý nhiễu tần số phục vụ trực tiếp cho nhiệm vụ quốc phòng, an ninh. Đồng thời, còn có các đề án, văn bản xác định khu vực tần số phục vụ triển khai nhiệm vụ bảo đảm an ninh, an toàn của Việt Nam.
Danh mục này cũng liệt kê thiết kế kỹ thuật của mạng viễn thông dùng riêng cho các cơ quan Đảng, Nhà nước; tần số, hô hiệu, quy ước liên lạc của Mạng điện báo Hệ đặc biệt; cùng thiết kế kỹ thuật các công trình viễn thông quan trọng liên quan đến an ninh quốc gia.
Quy định mới đồng thời làm rõ trách nhiệm trong tổ chức thực hiện. Theo đó, Bộ Khoa học và Công nghệ có trách nhiệm chủ trì, phối hợp với Bộ Công an để hướng dẫn và kiểm tra việc triển khai thi hành quyết định.