Trước đó, giữa tháng 7, VKSND tỉnh Sơn La ban hành cáo trạng truy tố 17 bị can về các tội Cố ý làm trái quy định của Nhà nước về quản lý kinh tế gây hậu quả nghiêm trọng (Điều 165 Bộ luật Hình sự 1999) và Thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng (Điều 285, Bộ luật Hình sự 1999).
Trong đó, nguyên Giám đốc Sở Tài nguyên Môi trường Sơn La — Triệu Ngọc Hoan bị truy tố theo Điều 285 khung phạt 3-12 năm; cựu Phó giám đốc Sở Tài chính Sơn La — Trương Tuấn Dũng, Phan Tiến Diện (nguyên Phó chủ tịch UBND huyện Mường La) theo Điều 165, khung phạt 10-20 năm.
Sau khi VKSND tỉnh chuyển hồ sơ, TAND tỉnh Sơn La đã yêu cầu làm rõ có hay không sai phạm của các bị can và cá nhân trong việc đo đạc, bồi thường. Công an tỉnh điều tra bổ sung, xác định không đủ căn cứ chứng minh, quy kết trách nhiệm hình sự với các bị can và một số cá nhân khác.
Theo cơ quan công tố, thuỷ điện Sơn La là dự án trọng điểm quốc gia được Quốc hội quyết định chủ trương và Thủ tướng phê duyệt đầu tư. Từ đầu năm 2000, tỉnh Sơn La đã phối hợp với các bộ, ngành Trung ương khảo sát, đánh giá tại khu vực mặt bằng công trường tại huyện Mường La và xã Tân Lập (huyện Mộc Châu).
Phương án di dân, bồi thường, hỗ trợ đất đai, cây cối, tài sản của những người bị thu hồi đất phục vụ xây dựng được lập.
Ngày 22.10.2003, UBND tỉnh Sơn La có quyết định thu hồi hơn 2.000 ha đất tại một số xã của huyện Mường La và xã Liệp Tè (huyện Thuận Châu) tạm giao cho Ban Quản lý dự án để xây dựng tổng mặt bằng thi công.
Năm 2014, ông Trương Tuấn Dũng (khi đó là Phó Chủ tịch UBND huyện Mường La, kiêm Chủ tịch Hội đồng bồi thường, hỗ trợ tái định cư) trực tiếp chỉ đạo công tác đo đạc, lập bản đồ địa chính.
Cơ quan công tố cáo buộc, ông Dũng ký ban hành Kế hoạch số 41 của UBND huyện Mường La không đúng với các văn bản hướng dẫn của UBND tỉnh Sơn La, Bộ Tài nguyên. Trong đó sai phạm "nghiêm trọng nhất" là cho phép đơn vị tư vấn đo đạc, lập bản đồ địa chính khi không có các thủ tục pháp lý. Việc làm này dẫn tới việc thu hồi đất, bồi thường hỗ trợ sai.
Theo đó, ban quản lý dự án đã bồi thường sai cho hộ dân Đèo Văn Ban (63 tuổi, trú tại xã Mường Chùm, huyện Mường La) cũng là bị can trong vụ án này số tiền hơn 1,2 tỷ đồng.
Ông Phan Tiến Diện (Phó chủ tịch UBND huyện Mường La) cho biết, Kế hoạch 41 do ông Dũng ký, ban hành có nội dung không đúng. Song ông này vẫn ký các quyết định phương án thu hồi đất, bồi thường hỗ trợ.
Với chức vụ Giám đốc Sở Tài nguyên Môi trường Sơn La, ông Triệu Ngọc Hoan có thẩm quyền ký ban hành bản đồ địa chính. Tuy nhiên, ông này đã không thực hiện đúng quy trình, không kiểm tra tài liệu, không nắm được bản đồ địa chính do Văn phòng đăng ký đất đai lập có đúng hay không. Ông Hoan vẫn ký xác nhận hỗ trợ cho các hộ dân.
Trong khi đó, nhiều hộ dân có đất bị thu hồi tại khu vực Nhà máy thủy điện Sơn La không đồng ý khoản bồi thường vì cho rằng còn thiếu nhiều diện tích chưa được hỗ trợ. Vụ việc khiến kiện tụng kéo dài.