Theo Đơn kháng cáo của Bộ GD&ĐT, ngày 28/10/2013, ông Hoàng Xuân Quế, trường ĐH Kinh tế quốc dân có Đơn khởi kiện Bộ trưởng Bộ GD&ĐT yêu cầu hủy bỏ Quyết định 4674/QĐ — BGD&ĐT do Bộ trưởng Bộ GD&ĐT ký ban hành 11/10/2013 (Quyết định 4674) thu hồi bằng tiến sĩ của ông Quế.
Qua hơn 5 năm thụ lý giải quyết vụ án với nhiều lần tạm đình chỉ không đúng quy định của pháp luật, ngày 14/12/2018, Hội đồng xét xử Tòa án nhân dân TP. Hà Nội đã chấp nhận yêu cầu khởi kiện của ông Quế, tuyên hủy Quyết định 4674, kiến nghị khôi phục lại học hàm, học vị cho ông Quế.
Bộ GD&ĐT viết đơn kháng cáo toàn bộ Bản án hành chính sơ thẩm số 197/2018/HCST ngày 14/12/2018 của Tòa án nhân dân TP. Hà Nội — Bản án sơ thẩm với các lý do: Bản án sơ thẩm có nhiều nội dung suy diễn, thiếu căn cứ pháp lý, né tránh các vấn đề cốt yếu của vụ án.
Bộ GD&ĐT cho biết, qua toàn bộ diễn biến sơ thẩm, đặc biệt là qua nội dung Bản án sơ thẩm, nhận thấy Hội đồng xét xử Tòa án cấp sơ thẩm đã né tránh vấn đề cốt yếu của vụ án, đó là ông Hoàng Xuân Quế có hay không có hành vi sao chép luận án tiến sĩ của ông Mai Thanh Quế? Từ đó, Bản án sơ thẩm được ban hành với nhiều nội dung suy diễn, thiếu căn cứ pháp lý, gây mập mờ, lẫn lộn với 3 vấn đề:
Thứ nhất, việc đánh giá ông Hoàng Xuân Quế có hay không có hành vi sao chép luận án tiến sĩ gặp khó khăn, do không thể làm rõ được cuốn "luận án tiến sĩ gốc' hiện đang nằm ở đâu.
Thứ ba, Các văn bản quy phạm pháp luật không có chế tài "thu hồi bằng tiến sĩ" ngay cả trường hợp xác định ông Hoàng Xuân Quế đã có hành vi sao chép luận án tiến sĩ của ông Mai Thanh Quế.
Bộ GD&ĐT cho rằng, Bản án sơ thẩm trình bày thiếu rõ ràng, vừa có ý cho rằng, "luận án tiến sĩ gốc" của ông Hoàng Xuân Quế hiện không rõ ở đâu nên thiếu căn cứ để đánh giá có hay không có hành vi sao chép, lại có ý cho rằng luận án của ông Quế đã được một hội đồng gồm nhiều chuyên gia có uy tín đánh giá xuất sắc, không có quy định nào cho phép "chấm lại" luận án và đánh giá là không đạt yêu cầu. Bộ GD&ĐT đề nghị Tòa án cấp phúc thẩm xem xét lại vấn đề này.
Bộ GD&ĐT đề nghị Toàn phúc thẩm xem lại về trình tự, thủ tục giải quyết tố cáo của Bộ trưởng Bộ GD&ĐT vì theo Bản án sơ thẩm cho rằng ngày 11/7/2013, Bộ GD&ĐT mới chính thức thụ lý Đơn tố cáo đối với ông Hoàng Xuân Quế, song trong kết luận nội dung tố cáo lại sử dụng "Biên bản họp Hội đồng xác minh luận án tiến sĩ" của Hội đồng xác minh họp ngày 9/7/2013 là "không thỏa đáng".
Ngoài ra, Bản án sơ thẩm còn nêu một số khiếm khuyết của Hội đồng xác minh do Chủ tịch Hội đồng chức danh giáo sư ngành kinh tế học thành lập, cũng để cho rằng việc Bộ trưởng Bộ GD&ĐT căn cứ vào "Biên bản họp Hội đồng xác minh luận án tiến sĩ" này là "không thỏa đáng".
Với những dẫn chứng trên, lãnh đạo Bộ GD&ĐT kháng cáo toàn bộ Bản án hành chính sơ thẩm số 197/2018/HCST của Tòa án nhân dân TP.Hà Nội và đề nghị Tòa án nhân dân Cấp cao tại Hà Nội xét xử phúc thẩm với Bản án này một cách công tâm, khách quan, tuyên giữ nguyên Quyết định số 4674/QĐ- BGD&ĐT do Bộ trưởng Bộ GD&ĐT ký ban hành ngày 11/10/2013 thu hồi bằng tiến sĩ của ông Hoàng Xuân Quế.
Trước đó, ngày 14/12, sau khi nghị án, Thẩm phán Tòa án Nhân dân Thành phố Hà Nội — ông Hoàng Chí Nguyện tuyên án: Việc Bộ Giáo dục và Đào tạo quyết định 4674 ngày 11/10/2013 thu hồi bằng tiến sĩ của ông Hoàng Xuân Quế là trái quy định của pháp luật.
Tuyên hủy Quyết định 4674 ngày 11/10/2013 của Bộ trưởng Bộ Giáo dục và Đào tạo về việc thu hồi bằng tiến sĩ ngành kinh tế của ông Hoàng Xuân Quế.
Kiến nghị Bộ Giáo dục và Đào tạo, các cơ quan chức năng có thẩm quyền khôi phục lại học hàm, học vị cho ông Hoàng Xuân Quế.
