Theo lời khai của Trần Xuân Yến, Nguyễn Thị Hồng Nga, Lò Văn Huynh, Đặng Hữu Thủy, Cầm Thị Bun Sọn, Đỗ Khắc Hưng, Đinh Hải Sơn, các bị can mở cửa phòng xử lý bài thi trắc nghiệm ngoài giờ làm việc để tìm, sau đó mang bài thi về nhà và cùng nhau tẩy xóa đáp án sai để tô lại đáp án đúng cho 44 thí sinh theo đơn "đặt hàng".
Căn cứ kết quả điều tra, Cơ quan An ninh điều tra Công an tỉnh Sơn La đã trưng cầu Viện khoa khọc hình sự Bộ Công an giám định đối với các bài thi trắc nghiệm của 44 thí sinh.
Kết luận giám định từ các số 5797 (A1)/C09 ngày 15/01/2019 đến 5797 ( A15)/C09 ngày 26/2/2019; Từ 5798 ( A1)/C09 ngày 01/02/2019 đến 5798 ( A15)/C09 ngày 28/2/2019; Từ 5799 ( A1) /C09 ngày 15/11/2018 đến 5799 ( A14)/C09 ngày 24/12/2018 đã kết luận:
“Nét tô tròn tại phần trả lời đã bị tẩy xóa cơ học. Nét tô ở các ô tròn phần trả lời so với nét tô ở các ô tròn dưới mục “ 7 số báo danh” mục “ 8 mã đề thi” không phải do cùng một người tô ra”.
Căn cứ kết luận giám định, Cơ quan an ninh điều tra đề nghị Bộ Giáo dục và Đào tạo chấm lại các bài thi trắc nghiệm của 44 thí sinh. Kết quả các thí sinh đều bị hạ điểm.
Bị hạ điểm nhiều nhất là thí sinh N.A.T, 3 môn Toán, Vật lý, tiếng Anh bị hạ 26,55 điểm.
Thí sinh T.D.H cũng là 3 môn giống N.A.T và bị hạ 22,15 điểm.
Theo lời khai của Lò Văn Huynh thể hiện trong cáo trạng, thông tin từ 2 thí sinh trên là Huynh nhận từ Nguyễn Minh Khoa, nguyên Phó phòng An ninh chính trị nội bộ, Công an Sơn La. Huynh khai đã nhận của Khoa 1 tỷ đồng để giúp sửa, nâng điểm cho 2 thí sinh N.A.T và T.D.H.
Tiếp đến là thí sinh L.V.H nhờ 3 môn Toán, Lịch sử, Ngữ văn bị hạ 19,8 điểm. Thí sinh này được bị can Trần Xuân Yến khai nhận thông tin từ giám đốc Hoàng Tiến Đức để giúp nâng điểm thi.
Thí sinh M.V.T nhờ nâng 4 môn Toán, Lý, Ngữ văn, tiếng Anh. Kết quả chấm thẩm định môn Văn của thí sinh này không bị hạ điểm; 3 môn còn lại bị hạ 18,7 điểm. Thí sinh này do bị can Nguyễn Thị Hồng Nga nhận từ bà Đinh Thị Thắng, em dâu Nga.
Các thí sinh được nâng điểm khủng này đều nhập học tại Học viên cảnh sát, Học viện an ninh và Quân đội. Sau khi có kết luận điều tra, các thí sinh này đã bị các trường trả về địa phương.
Ngoài danh sách 5 thí sinh trên, còn 39 thí sinh khác cũng bị hạ tổng 3 môn từ 3 điểm đến 16,25 điểm.