Tháng 7 năm 1947, Tổng thống Hoa Kỳ thứ 33 Harry Truman ký Đạo luật An ninh quốc gia. Tài liệu bắt đầu có hiệu lực ngày 18 tháng 9 cùng năm và trờ thành ngày ra đời của Cơ quan Tình báo Trung ương Mỹ (CIA).
Đạo luật An ninh quốc gia tái tổ chức căn bản các lực lượng quân sự Hoa Kỳ — hình thành Bộ Quốc phòng (qua việc sáp nhập Bộ Quân đội và Bộ Hải quân), Lực lượng Không quân được phân bổ thành cấu trúc riêng, lập Hội đồng An ninh Quốc gia (NSC) và Cơ quan Tình báo Trung ương (CIA) — cơ quan tình báo đầu tiên của Hoa Kỳ hoạt động trong thời bình.
Giai đoạn Chiến tranh Lạnh, trọng tâm công việc của CIA là theo dõi Liên Xô và các nước trong cộng đồng xã hội chủ nghĩa.
Ví dụ, một trong những sự kiện gây xôn xao dư luận nhất liên quan đến CIA, gắn liền với cuộc đối đầu giữa Hoa Kỳ và Liên Xô, được coi là vụ máy bay do thám U-2 bị bắn hạ gần Sverdlovsk năm 1960 và bắt giữ phi công Gary Powers.
Mỹ bác bỏ cáo buộc của Liên Xô về các hoạt động gián điệp. Chỉ sau khi chính phủ Liên Xô trưng bày tàn tích chiếc máy bay bị bắn rơi Mỹ mới thừa nhận sự tồn tại các máy bay do thám thu thập thông tin về Liên Xô. Sự cố này đã làm suy yếu nghiêm trọng quan hệ giữa hai nước. Powers bị xét xử và kết án mười năm tù. Ngày 10 tháng 2 năm 1962, Liên Xô đã đổi Powes lấy nhà tình báo William Fisher (được biết như Rudolf Abel), người bị bắt năm 1957.
CIA nhúng tay vào vô số xung đột chính trị và quân sự lớn trên hầu hết các lục địa trong những thập kỷ tiếp theo.
Năm 1961, CIA trang bị cho 1.500 tay súng lật đổ nhà lãnh đạo Cuba Fidel Castro. Chiến dịch Mongoose thất bại vì được lên kế hoạch kém.
Vào năm 1961, CIA đã tổ chức vụ ám sát nhà lãnh đạo Congo Patrice Lumumba. Công chúng dành cho Lumumba sự ủng hộ quá cao khiến Hoa Kỳ không thể đặt tay sai của mình vào ghế tổng thống. Cuộc nội chiến ở Congo bùng nổ và kéo dài trong bốn năm.
Năm 1968, CIA lập hế hoạch bắt cóc và giết Che Guevara ở Bolivia.
Sau những năm 1990, truyền thông Nga bắt đầu đề cập đến cái gọi là "kế hoạch Dulles" — một học thuyết phác thảo các nguyên tắc chung chinh phục Liên bang Xô viết thông qua sự tụt dốc về ý thức hệ và đạo đức trong dân chúng. Tuy nhiên, không có tài liệu nào chứng minh một kế hoạch như vậy từng tồn tại.
Từ năm 1979 cho đến khi quân đội Liên Xô rút quân khỏi Afghanistan, CIA đã cung cấp vũ khí cho các mudhedin. Cuộc chiến kết thúc, Zbigniew Brzezinski (cố vấn của Tổng thống Jimmy Carter trong những năm 1977-1981) lập tức không ngần ngại tuyên bố CIA đã giúp đỡ quân nổi dậy ở Afghanistan. Ngoài ra, trong một cuộc phỏng vấn với tạp chí Pháp Le Nouvel Observateur năm 1998, nhân vật này cho biết:
"Chúng tôi không thúc đẩy người Nga can thiệp, nhưng chúng tôi cố tình tăng những yếu tố tiềm ẩn để họ sẽ làm điều đó… Hoạt động bí mật là một ý tưởng tuyệt vời. Kết quả là Liên bang Xô viết đã sa lầy ở Afghanistan… Vào ngày Liên Xô chính thức vượt qua biên giới, tôi đã viết cho Tổng thống Carter: "Giờ thì chúng ta có cơ hội cho Liên bang Xô viết một cuộc chiến Việt Nam của họ".
Sau thảm kịch ngày 11 tháng 9 năm 2001, khi Osama bin Laden trở thành "kẻ khủng bố số 1", báo chí Mỹ tung tin thủ lĩnh "al-Qaeda" (tổ chức bị cấm ở Nga) là tay sai bất đắc dĩ của Nhà Trắng. Tất nhiên, chính quyền Hoa Kỳ nhiều lần bác bỏ những cáo buộc như vậy, tuyên bố họ chủ yếu chỉ giúp các chiến binh Gulbuddin Hekmatyar. Sau nhiều năm, chính CIA tìm ra cơ hội tiêu diệt Bin Laden. Thủ lĩnh khủng bố đã chết trong chiến dịch mang tên "Ngọn giáo Neptune" năm 2011.
Những năm 2000, CIA trở thành trung tâm loạt vụ bê bối liên quan đến phương pháp làm việc "vô nhân đạo". Báo chí Mỹ đưa tin về những nhà tù bí mật của CIA.
Năm 2006, Tổng thống Mỹ George W. Bush con chính thức thừa nhận sự tồn tại của các nhà tù. Vào thời điểm đó, ông Bush tuyên bố các cơ sở này cần thiết cho nhu cầu đảm bảo an ninh và chỉ giam giữ những đối tượng đặc biệt nguy hiểm, bị nghi là khủng bố.
Vào những ngày đầu nhiệm kỳ thứ nhất, khoảng tháng 1 năm 2009, Tổng thống Dân chủ Barack Obama đã ký sắc lệnh đóng cửa tất cả các nhà tù bí mật của CIA.
Còn tháng 12 năm 2007, CIA thừa nhận đã hủy hai băng video ghi lại cuộc hỏi cung các nghi can, điều này làm dấy lên sự bất bình của các tổ chức nhân quyền. Năm 2008, Giám đốc CIA lúc bấy giờ là Michael Heyden đã xác nhận việc các nhân viên của CIA sử dụng "tra tấn nước" khi thẩm vấn — một phương pháp tra tấn được Khmer Đỏ sử dụng: rót nước vào miệng và mũi người bị hỏi cung ở tư thế nằm ngửa, tạo cảm giác sứp chết đuối.
