Theo đề xuất của Hà Nội, sân bay thứ hai dự kiến đặt tại khu vực phía Nam (Phú Xuyên - Ứng Hòa hoặc giáp Ninh Bình), đạt tiêu chuẩn cấp 4E theo ICAO. Giai đoạn đầu, công suất sân bay khoảng 20-25 triệu hành khách mỗi năm và có thể mở rộng lên khoảng 50 triệu hành khách mỗi năm.
Tuy nhiên, Bộ Xây dựng cho rằng khu vực phía tây nam Thủ đô có nhiều dãy núi cao, không phận bị hạn chế, gây khó khăn cho việc thiết kế phương thức bay. Do đó, theo quy hoạch tổng thể hệ thống cảng hàng không quốc gia đã được phê duyệt, vị trí và quy mô sân bay thứ hai chưa nên xác định ngay, cần tiếp tục nghiên cứu sau năm 2030, khi công nghệ điều hành bay và dẫn đường phát triển hơn.
Bộ cũng đề nghị Hà Nội tiếp cận theo hướng mở, xem xét cả phương án đặt sân bay ở phía Nam hoặc Đông Nam, thay vì cố định một vị trí cụ thể ở thời điểm hiện tại.
Ngoài ra, Bộ Xây dựng cho biết Quốc hội đã thông qua chủ trương đầu tư Cảng hàng không quốc tế Gia Bình. Khi đi vào hoạt động, sân bay này sẽ góp phần giảm tải cho Nội Bài, vốn đang chịu áp lực lớn và hạn chế về quỹ đất mở rộng. Vì vậy, việc quy hoạch thêm một sân bay mới cần được cân nhắc kỹ để tránh chồng chéo và bảo đảm hiệu quả đầu tư, khai thác toàn hệ thống.
Đối với lĩnh vực đường sắt, Bộ Xây dựng đề nghị không xếp các tuyến Lào Cai - Hà Nội - Hải Phòng và Lạng Sơn - Hà Nội vào nhóm “vai trò dẫn dắt của Thủ đô”, do đây là các tuyến đường sắt quốc gia, kết nối liên vận quốc tế và thuộc thẩm quyền đầu tư của Trung ương.
Bộ cũng lưu ý các tuyến này chỉ là đường sắt điện khí hóa thông thường, không phải đường sắt tốc độ cao (trên 200 km/h) như cách gọi trong hồ sơ quy hoạch.
Riêng mạng lưới đường sắt đô thị, Bộ đề nghị nghiên cứu mở rộng các tuyến liên kết vùng, kéo dài tới Hòa Bình, Phú Thọ và sân bay Gia Bình nhằm tăng khả năng kết nối và thúc đẩy phát triển khu vực.